More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1230 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1230  recombinase A  100 
 
 		 357 aa  722    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.460816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  86.88 
 
 		 357 aa  610  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1643  recombinase A  86.05 
 
 		 355 aa  588  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883064  decreased coverage  0.00000000000602005 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  84.16 
 
 		 356 aa  586  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2105  recombinase A  79.32 
 
 		 357 aa  553  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.577481 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0452  recombinase A  79.32 
 
 		 357 aa  553  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2373  recombinase A  79.6 
 
 		 357 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.548421 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  79.88 
 
 		 424 aa  540  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  79.15 
 
 		 361 aa  539  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  78.55 
 
 		 361 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  77.34 
 
 		 362 aa  531  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  75.29 
 
 		 364 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  75 
 
 		 361 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  74.57 
 
 		 366 aa  530  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  75.95 
 
 		 343 aa  530  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  76.95 
 
 		 362 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  75.37 
 
 		 357 aa  526  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  75.36 
 
 		 356 aa  525  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  75.59 
 
 		 360 aa  525  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  81.07 
 
 		 365 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  76.07 
 
 		 343 aa  522  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  76.99 
 
 		 347 aa  521  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  76.74 
 
 		 355 aa  524  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1006  recA protein  74.14 
 
 		 359 aa  521  1e-147  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4080  recombinase A  77.13 
 
 		 361 aa  521  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2228  recA protein  78.22 
 
 		 363 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  73.55 
 
 		 362 aa  521  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  75.91 
 
 		 363 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  76.52 
 
 		 364 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  76.22 
 
 		 363 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  76.38 
 
 		 350 aa  519  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  75.61 
 
 		 363 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5503  recA protein  76.09 
 
 		 363 aa  518  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468538  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  75.61 
 
 		 362 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2824  recA protein  75.51 
 
 		 366 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217843  normal  0.126726 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2601  recA protein  75.51 
 
 		 366 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.2342 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2629  recA protein  73.39 
 
 		 366 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  76.22 
 
 		 362 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1725  recombinase A  73.75 
 
 		 360 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.971685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0291  recA protein  75.8 
 
 		 363 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0355806  hitchhiker  0.00687417 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  77.3 
 
 		 390 aa  517  1.0000000000000001e-145  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  73.78 
 
 		 384 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  71.05 
 
 		 348 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  74.14 
 
 		 348 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  72.12 
 
 		 345 aa  498  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  72.12 
 
 		 345 aa  498  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  71.43 
 
 		 356 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  70.52 
 
 		 356 aa  496  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5903  recA protein  70.59 
 
 		 379 aa  497  1e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2041  recombinase A  71.43 
 
 		 356 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461458  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  71.43 
 
 		 356 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  71.65 
 
 		 363 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  71.3 
 
 		 357 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  72.9 
 
 		 345 aa  492  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  71.3 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0272  recombinase A  71.3 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  71.3 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  71.74 
 
 		 349 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  71.3 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  72.37 
 
 		 348 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  70.85 
 
 		 359 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0814  recombinase A  71.3 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538126  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  69.16 
 
 		 358 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  70.85 
 
 		 359 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  70.29 
 
 		 358 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  71.3 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  71.3 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  71.68 
 
 		 348 aa  489  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  71.96 
 
 		 347 aa  489  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  73.83 
 
 		 358 aa  491  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  73.1 
 
 		 377 aa  489  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  69.71 
 
 		 358 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  71.65 
 
 		 362 aa  491  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  73.52 
 
 		 347 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  71.81 
 
 		 353 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  72.7 
 
 		 353 aa  487  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  71.65 
 
 		 348 aa  487  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1303  recombinase A  73.29 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0497  recombinase A  71.64 
 
 		 353 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00187604 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  73.15 
 
 		 343 aa  481  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1732  recombinase A  71.7 
 
 		 352 aa  482  1e-135  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0649106  normal  0.0921204 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  69.78 
 
 		 342 aa  481  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  71.03 
 
 		 348 aa  483  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2014  recombinase A  71.38 
 
 		 352 aa  481  1e-135  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  70.25 
 
 		 345 aa  479  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3948  recA protein  69.79 
 
 		 384 aa  478  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0456  recA protein  70.03 
 
 		 358 aa  478  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1300  recombinase A  70.25 
 
 		 353 aa  474  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000151962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  71.65 
 
 		 355 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  71.34 
 
 		 355 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  70.09 
 
 		 347 aa  475  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  66.29 
 
 		 352 aa  476  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1927  recombinase A  69.02 
 
 		 352 aa  477  1e-133  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1645  recombinase A  69.02 
 
 		 352 aa  477  1e-133  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  71.65 
 
 		 355 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  71.65 
 
 		 355 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0355  recA protein  70.82 
 
 		 367 aa  471  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0070  recombinase A  70.09 
 
 		 354 aa  472  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4075  recA protein  69.11 
 
 		 358 aa  471  1e-132  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0386592  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1392  recombinase A  73.23 
 
 		 356 aa  474  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>