More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1730 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  97.25 
 
 		 363 aa  721    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  90.3 
 
 		 362 aa  677    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  91.34 
 
 		 362 aa  676    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  96.96 
 
 		 364 aa  712    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  97.25 
 
 		 363 aa  719    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  100 
 
 		 363 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  93.02 
 
 		 362 aa  686    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4080  recombinase A  85.34 
 
 		 361 aa  621  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  82.2 
 
 		 361 aa  602  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  82.2 
 
 		 424 aa  602  1.0000000000000001e-171  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  81.18 
 
 		 364 aa  596  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  82.39 
 
 		 361 aa  597  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  80.85 
 
 		 362 aa  594  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  81.52 
 
 		 355 aa  593  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  80.28 
 
 		 361 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  82.7 
 
 		 343 aa  590  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  79.15 
 
 		 360 aa  588  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  76.64 
 
 		 362 aa  573  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2824  recA protein  78.89 
 
 		 366 aa  569  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217843  normal  0.126726 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2601  recA protein  78.89 
 
 		 366 aa  569  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.2342 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2629  recA protein  77.47 
 
 		 366 aa  568  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  80.81 
 
 		 365 aa  570  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5503  recA protein  77.99 
 
 		 363 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468538  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2228  recA protein  77.84 
 
 		 363 aa  560  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0291  recA protein  77.72 
 
 		 363 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0355806  hitchhiker  0.00687417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  74.43 
 
 		 366 aa  555  1e-157  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  75.22 
 
 		 347 aa  553  1e-156  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  75.72 
 
 		 350 aa  551  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  76.45 
 
 		 357 aa  548  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  76.83 
 
 		 343 aa  550  1e-155  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  74.86 
 
 		 356 aa  545  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1725  recombinase A  76.09 
 
 		 360 aa  544  1e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.971685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1006  recA protein  74.43 
 
 		 359 aa  544  1e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  73.61 
 
 		 357 aa  527  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1392  recombinase A  73.46 
 
 		 356 aa  524  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  72.43 
 
 		 356 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1230  recombinase A  75.61 
 
 		 357 aa  519  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.460816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  71.35 
 
 		 390 aa  511  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  73.11 
 
 		 363 aa  509  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2105  recombinase A  73.02 
 
 		 357 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.577481 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0452  recombinase A  73.02 
 
 		 357 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  68.18 
 
 		 384 aa  501  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2373  recombinase A  73.31 
 
 		 357 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.548421 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  71.6 
 
 		 362 aa  501  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  67.53 
 
 		 349 aa  494  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  73.29 
 
 		 348 aa  494  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  68.68 
 
 		 348 aa  497  1e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  72.59 
 
 		 348 aa  496  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  71.74 
 
 		 348 aa  497  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  72.59 
 
 		 358 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  70 
 
 		 358 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  69.54 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  71.65 
 
 		 345 aa  493  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0272  recombinase A  69.54 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  69.54 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  69.54 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1643  recombinase A  70.38 
 
 		 355 aa  491  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883064  decreased coverage  0.00000000000602005 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  69.83 
 
 		 356 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  69.54 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  71.69 
 
 		 358 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  69.54 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0814  recombinase A  69.54 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538126  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  71.43 
 
 		 336 aa  488  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  71.83 
 
 		 342 aa  489  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  70.3 
 
 		 348 aa  488  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  69.25 
 
 		 347 aa  489  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  71.17 
 
 		 345 aa  490  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  72.5 
 
 		 345 aa  491  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2041  recombinase A  67.33 
 
 		 356 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  67.33 
 
 		 356 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  72.5 
 
 		 345 aa  491  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  70.18 
 
 		 359 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  67.33 
 
 		 356 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  70.18 
 
 		 359 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  69.97 
 
 		 358 aa  484  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2405  recombinase A  70.55 
 
 		 341 aa  484  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  70.18 
 
 		 357 aa  487  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  68.01 
 
 		 346 aa  484  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  71.97 
 
 		 377 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  68.01 
 
 		 346 aa  484  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  73.6 
 
 		 343 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  70 
 
 		 353 aa  481  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0456  recA protein  71.04 
 
 		 358 aa  483  1e-135  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0100  recombinase A  70.46 
 
 		 347 aa  481  1e-135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5903  recA protein  69.85 
 
 		 379 aa  483  1e-135  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  70.72 
 
 		 347 aa  482  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4075  recA protein  67.05 
 
 		 358 aa  479  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0386592  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4108  recA protein  67.05 
 
 		 358 aa  479  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  70.91 
 
 		 353 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0981  recA protein  69.57 
 
 		 358 aa  479  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3964  RecA protein  66.76 
 
 		 358 aa  479  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  70.5 
 
 		 355 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3948  recA protein  69.91 
 
 		 384 aa  480  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  70 
 
 		 348 aa  479  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1267  recA protein  68.47 
 
 		 358 aa  478  1e-134  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165392  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0086  recombinase A  70.15 
 
 		 347 aa  480  1e-134  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000139683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  70.72 
 
 		 349 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1476  recombinase A  70.77 
 
 		 345 aa  478  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.158308  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3031  recombinase A  69.25 
 
 		 353 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00473022  hitchhiker  0.000967818 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2014  recombinase A  69.35 
 
 		 352 aa  476  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.306298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>