More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2578 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2578  recA protein  100 
 
 		 365 aa  730    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  83.9 
 
 		 361 aa  618  1e-176  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  83.9 
 
 		 424 aa  618  1e-176  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  83.89 
 
 		 364 aa  617  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  82.87 
 
 		 362 aa  615  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  83.1 
 
 		 362 aa  611  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  81.77 
 
 		 361 aa  608  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  81.72 
 
 		 361 aa  607  1e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  81.28 
 
 		 360 aa  606  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  81.67 
 
 		 366 aa  598  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  80.61 
 
 		 355 aa  597  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  80.62 
 
 		 362 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  82.56 
 
 		 363 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  79.83 
 
 		 362 aa  593  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  80.11 
 
 		 362 aa  593  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4080  recombinase A  83.53 
 
 		 361 aa  591  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  82.94 
 
 		 343 aa  591  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  80.81 
 
 		 363 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  80.52 
 
 		 364 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  81.63 
 
 		 363 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  81.45 
 
 		 347 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2228  recA protein  83.33 
 
 		 363 aa  578  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5503  recA protein  79.34 
 
 		 363 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468538  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1006  recA protein  79.71 
 
 		 359 aa  572  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0291  recA protein  79.22 
 
 		 363 aa  570  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0355806  hitchhiker  0.00687417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2629  recA protein  82.09 
 
 		 366 aa  566  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2824  recA protein  79.37 
 
 		 366 aa  566  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217843  normal  0.126726 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2601  recA protein  79.37 
 
 		 366 aa  566  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.2342 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  79.41 
 
 		 350 aa  560  1.0000000000000001e-159  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  82.26 
 
 		 343 aa  559  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  77.78 
 
 		 356 aa  550  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  80.61 
 
 		 357 aa  550  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  76.76 
 
 		 357 aa  546  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  80.3 
 
 		 356 aa  546  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1230  recombinase A  77.14 
 
 		 357 aa  540  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.460816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1725  recombinase A  75.22 
 
 		 360 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.971685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1392  recombinase A  76.15 
 
 		 356 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  70.03 
 
 		 348 aa  514  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1643  recombinase A  78.96 
 
 		 355 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883064  decreased coverage  0.00000000000602005 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  73.82 
 
 		 390 aa  516  1.0000000000000001e-145  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  74.92 
 
 		 342 aa  511  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0452  recombinase A  80.06 
 
 		 357 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2373  recombinase A  76.72 
 
 		 357 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263861  normal  0.548421 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2105  recombinase A  80.06 
 
 		 357 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.577481 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  76.18 
 
 		 336 aa  508  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  69.86 
 
 		 347 aa  509  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  73.78 
 
 		 384 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  74.85 
 
 		 345 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  74.85 
 
 		 345 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0456  recA protein  75.54 
 
 		 358 aa  507  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  72.9 
 
 		 345 aa  504  9.999999999999999e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  73.46 
 
 		 349 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  73.93 
 
 		 362 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  69.88 
 
 		 348 aa  502  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  72.53 
 
 		 348 aa  501  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  73.56 
 
 		 358 aa  501  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  73.62 
 
 		 363 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  70.66 
 
 		 358 aa  502  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  73.17 
 
 		 345 aa  499  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  73.99 
 
 		 348 aa  500  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  75.08 
 
 		 343 aa  500  1e-140  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  75.16 
 
 		 377 aa  500  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  75.08 
 
 		 343 aa  500  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  73.56 
 
 		 358 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  74.14 
 
 		 358 aa  500  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  75.54 
 
 		 343 aa  496  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0272  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0814  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1476  recombinase A  73.01 
 
 		 345 aa  495  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.158308  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  72.95 
 
 		 348 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  73.7 
 
 		 356 aa  497  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3964  RecA protein  73.09 
 
 		 358 aa  495  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  72.22 
 
 		 348 aa  496  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2041  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461458  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  72.95 
 
 		 359 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  73.25 
 
 		 357 aa  496  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  72.95 
 
 		 359 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  72.45 
 
 		 349 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0100  recombinase A  68.77 
 
 		 347 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  72.45 
 
 		 347 aa  495  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  72.64 
 
 		 356 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0086  recombinase A  68.48 
 
 		 347 aa  493  9.999999999999999e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000139683  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1215  recombinase A  70.95 
 
 		 353 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  71.55 
 
 		 347 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3340  recombinase A  71.47 
 
 		 353 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317597  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3735  recombinase A  74.29 
 
 		 338 aa  491  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1267  recA protein  71.95 
 
 		 358 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165392  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1300  recombinase A  71.25 
 
 		 353 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000151962 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3948  recA protein  74.09 
 
 		 384 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4108  recA protein  72.78 
 
 		 358 aa  491  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3630  recombinase A  74.29 
 
 		 338 aa  491  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4075  recA protein  73.09 
 
 		 358 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0386592  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  72.14 
 
 		 355 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  71.21 
 
 		 347 aa  489  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>