More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1215 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1215  recombinase A  100 
 
 
353 aa  713    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2747  recombinase A  89.64 
 
 
357 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3430  recombinase A  89.92 
 
 
357 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1300  recombinase A  92.35 
 
 
353 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000151962 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3126  recombinase A  89.58 
 
 
355 aa  648    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3269  recombinase A  89.58 
 
 
355 aa  648    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1248  recombinase A  89.58 
 
 
355 aa  648    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1208  recombinase A  89.24 
 
 
353 aa  643    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3340  recombinase A  90.65 
 
 
353 aa  661    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317597  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3117  recombinase A  89.58 
 
 
355 aa  648    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1125  recombinase A  89.64 
 
 
357 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1196  recombinase A  89.64 
 
 
357 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1062  recombinase A  88.98 
 
 
354 aa  647    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1126  recombinase A  89.36 
 
 
357 aa  636    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1195  recombinase A  91.27 
 
 
355 aa  655    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.111178  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1046  recombinase A  89.01 
 
 
355 aa  641    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.558521 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3240  recombinase A  84.87 
 
 
356 aa  607  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.245303  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3213  recombinase A  86.05 
 
 
357 aa  608  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.996939  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1114  recombinase A  86.63 
 
 
357 aa  608  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3375  recombinase A  84.83 
 
 
356 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0901  recombinase A  84.83 
 
 
356 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.741416  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0996  recA protein  84.99 
 
 
363 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.579129  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0981  recA protein  88.15 
 
 
358 aa  597  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02549  recombinase A  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0990  recA protein  82.44 
 
 
353 aa  591  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000616835  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3178  recombinase A  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0943419  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3015  recombinase A  82.44 
 
 
353 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  decreased coverage  0.0000000499102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2948  recombinase A  82.44 
 
 
353 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2835  recombinase A  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0246819  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3138  recombinase A  82.44 
 
 
353 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000383703 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3031  recombinase A  82.44 
 
 
353 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00473022  hitchhiker  0.000967818 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02514  hypothetical protein  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0302057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3946  recombinase A  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44116  normal  0.835205 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1013  recombinase A  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.580458  unclonable  0.0000000301114 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2822  recombinase A  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0783343  decreased coverage  0.0000036093 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2980  recombinase A  82.44 
 
 
353 aa  590  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.200628  decreased coverage  0.0000974758 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2983  recombinase A  82.72 
 
 
353 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0313902  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0841  recombinase A  89.03 
 
 
353 aa  588  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  unclonable  0.0000000182986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3174  recombinase A  86.32 
 
 
352 aa  585  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0591186  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  84.71 
 
 
347 aa  581  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03513  recombinase A  83.79 
 
 
354 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0070  recombinase A  79.71 
 
 
354 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002519  RecA protein  82.77 
 
 
347 aa  567  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0206  recA protein  80.85 
 
 
350 aa  555  1e-157  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.613588  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  80.25 
 
 
345 aa  548  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  75.54 
 
 
348 aa  527  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1303  recombinase A  75.99 
 
 
355 aa  524  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0425  recA protein  73.12 
 
 
348 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  73.09 
 
 
346 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  73.09 
 
 
346 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  72.78 
 
 
355 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  72.42 
 
 
355 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  72.78 
 
 
355 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  68.93 
 
 
352 aa  501  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  70.35 
 
 
349 aa  503  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3259  recombinase A  76.15 
 
 
343 aa  503  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  72.78 
 
 
355 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  71.17 
 
 
347 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1175  recombinase A  71.87 
 
 
352 aa  500  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.214888 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  68.9 
 
 
348 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3381  recombination protein RecA  75.76 
 
 
358 aa  499  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.000000385109  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4033  recA protein  70.91 
 
 
354 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  70.03 
 
 
348 aa  495  1e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  70.32 
 
 
348 aa  496  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1378  recombinase A  67.51 
 
 
354 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0217782  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  70.2 
 
 
347 aa  496  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  72.29 
 
 
347 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  70.15 
 
 
348 aa  493  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  71.91 
 
 
358 aa  491  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  72.27 
 
 
364 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  71.96 
 
 
362 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  71.34 
 
 
362 aa  488  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  70.34 
 
 
347 aa  490  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  71.03 
 
 
424 aa  485  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  71.03 
 
 
361 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  69.35 
 
 
345 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  71.12 
 
 
366 aa  486  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  70.72 
 
 
362 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  71.03 
 
 
360 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  69.35 
 
 
345 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  70.09 
 
 
362 aa  481  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  70.72 
 
 
361 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  71.29 
 
 
365 aa  482  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  66.47 
 
 
357 aa  479  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  69.47 
 
 
343 aa  478  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  70.4 
 
 
361 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0570  recombinase A  74.69 
 
 
344 aa  478  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.244041 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  70.09 
 
 
362 aa  478  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  70.76 
 
 
343 aa  478  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  69.16 
 
 
343 aa  476  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  69.06 
 
 
350 aa  475  1e-133  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  69.16 
 
 
363 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  69.85 
 
 
343 aa  475  1e-133  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  69.25 
 
 
356 aa  478  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  70.72 
 
 
355 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  69.85 
 
 
343 aa  475  1e-133  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  70.68 
 
 
345 aa  477  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1483  recombinase A  70.35 
 
 
347 aa  474  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  64.74 
 
 
390 aa  475  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  69.85 
 
 
349 aa  476  1e-133  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>