More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1476 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_00149  recombinase A  94.13 
 
 
344 aa  650    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781257  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0086  recombinase A  91.2 
 
 
347 aa  638    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000139683  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1476  recombinase A  100 
 
 
345 aa  689    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.158308  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0100  recombinase A  91.5 
 
 
347 aa  640    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  78.18 
 
 
348 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  73.33 
 
 
347 aa  519  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  75.99 
 
 
348 aa  514  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  75.99 
 
 
348 aa  514  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  74.56 
 
 
342 aa  513  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  78.57 
 
 
343 aa  508  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  75.77 
 
 
345 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  74.63 
 
 
347 aa  501  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0570  recombinase A  75.14 
 
 
344 aa  501  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.244041 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  72.34 
 
 
362 aa  498  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  76.51 
 
 
358 aa  498  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1483  recombinase A  76.7 
 
 
347 aa  500  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  70.52 
 
 
348 aa  498  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  71.12 
 
 
363 aa  494  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  74.39 
 
 
349 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  76.51 
 
 
358 aa  494  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  72.87 
 
 
355 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  73.31 
 
 
349 aa  492  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  74.77 
 
 
348 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  75.38 
 
 
357 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  72.62 
 
 
358 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  72.97 
 
 
347 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  74.47 
 
 
356 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2041  recombinase A  74.47 
 
 
356 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461458  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  75.08 
 
 
359 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  75.08 
 
 
359 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  74.47 
 
 
356 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  72.87 
 
 
355 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  75.56 
 
 
356 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  75.56 
 
 
356 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  71.26 
 
 
346 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0272  recombinase A  75.56 
 
 
356 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  72.73 
 
 
343 aa  490  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  75.56 
 
 
356 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  72.73 
 
 
343 aa  490  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  75.56 
 
 
356 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  73.39 
 
 
356 aa  490  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03513  recombinase A  72.39 
 
 
354 aa  488  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  71.47 
 
 
347 aa  488  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3259  recombinase A  73.04 
 
 
343 aa  487  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  72.87 
 
 
355 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  71.26 
 
 
346 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  75.56 
 
 
356 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  73.01 
 
 
345 aa  488  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  73.01 
 
 
345 aa  488  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  72.87 
 
 
355 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0814  recombinase A  75.56 
 
 
356 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538126  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  72 
 
 
362 aa  485  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  71.78 
 
 
361 aa  484  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  68.88 
 
 
362 aa  485  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1175  recombinase A  69.52 
 
 
352 aa  487  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.214888 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  72 
 
 
424 aa  485  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002519  RecA protein  71.78 
 
 
347 aa  486  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0070  recombinase A  71.78 
 
 
354 aa  487  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1655  recombinase A  76.6 
 
 
354 aa  486  1e-136  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.384834  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  70.09 
 
 
357 aa  481  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4033  recA protein  71.34 
 
 
354 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1378  recombinase A  71.34 
 
 
354 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0217782  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  74.85 
 
 
353 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  75.78 
 
 
353 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  73.97 
 
 
365 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  69.08 
 
 
361 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  70.43 
 
 
345 aa  478  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  71.17 
 
 
364 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0471  recombinase A  75.4 
 
 
352 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3240  recombinase A  67.89 
 
 
356 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.245303  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0901  recombinase A  67.89 
 
 
356 aa  481  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.741416  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  71.69 
 
 
348 aa  480  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  70.77 
 
 
363 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  71.38 
 
 
362 aa  478  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  71.08 
 
 
362 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3375  recombinase A  67.89 
 
 
356 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376283  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  70.86 
 
 
362 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0455  recombinase A  75.4 
 
 
352 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  72 
 
 
355 aa  479  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0981  recA protein  70.86 
 
 
358 aa  478  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3213  recombinase A  67.33 
 
 
357 aa  478  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.996939  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02549  recombinase A  71.17 
 
 
353 aa  474  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0551  recombinase A  76.36 
 
 
352 aa  476  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  66.29 
 
 
384 aa  477  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3031  recombinase A  69.46 
 
 
353 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00473022  hitchhiker  0.000967818 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4152  recombinase A  74.49 
 
 
343 aa  476  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2983  recombinase A  71.17 
 
 
353 aa  474  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0313902  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1013  recombinase A  71.17 
 
 
353 aa  474  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.580458  unclonable  0.0000000301114 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  71.38 
 
 
343 aa  475  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  70.77 
 
 
364 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2948  recombinase A  69.46 
 
 
353 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  70.9 
 
 
357 aa  474  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  71.08 
 
 
363 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  70.77 
 
 
363 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3138  recombinase A  69.46 
 
 
353 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000383703 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3178  recombinase A  71.17 
 
 
353 aa  474  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0943419  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4080  recombinase A  70.46 
 
 
361 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2980  recombinase A  69.46 
 
 
353 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.200628  decreased coverage  0.0000974758 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  66.76 
 
 
361 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  68.15 
 
 
347 aa  477  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>