More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2448 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2448  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
489 aa  1017    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1152  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.43 
 
 
488 aa  372  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0888361  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  47.1 
 
 
503 aa  291  2e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.23 
 
 
458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.28 
 
 
522 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2498  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.22 
 
 
445 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.47 
 
 
478 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.86 
 
 
461 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.28 
 
 
464 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.22 
 
 
493 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  49.2 
 
 
455 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0670  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.1 
 
 
453 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.22 
 
 
496 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.22 
 
 
496 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.22 
 
 
478 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.53 
 
 
461 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.53 
 
 
461 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.53 
 
 
461 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.53 
 
 
461 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.53 
 
 
461 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.53 
 
 
461 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.53 
 
 
461 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.03 
 
 
448 aa  282  1e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.52 
 
 
479 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.167221  normal  0.634355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.21 
 
 
465 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.21 
 
 
465 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.21 
 
 
465 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.33 
 
 
490 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.95 
 
 
456 aa  280  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.21 
 
 
462 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
457 aa  280  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  46.51 
 
 
606 aa  279  7e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.33 
 
 
490 aa  279  7e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
467 aa  279  8e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.94 
 
 
493 aa  279  8e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.59 
 
 
465 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.59 
 
 
465 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5342  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.79 
 
 
454 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.59 
 
 
465 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.17 
 
 
457 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.56 
 
 
502 aa  276  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45 
 
 
478 aa  276  7e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.82 
 
 
455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  42.99 
 
 
608 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0787  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.88 
 
 
464 aa  274  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0509974 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
495 aa  274  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.37 
 
 
441 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2951  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.86 
 
 
486 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0902  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.86 
 
 
607 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0245  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.86 
 
 
607 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.99 
 
 
608 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2841  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.86 
 
 
486 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.99 
 
 
608 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3052  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.13 
 
 
476 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2529  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.86 
 
 
619 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0386  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  48.86 
 
 
597 aa  273  6e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.857446  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.88 
 
 
473 aa  273  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.74 
 
 
446 aa  273  7e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2901  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.86 
 
 
624 aa  273  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.413973  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.05 
 
 
441 aa  273  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0936  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  43.8 
 
 
476 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.266088  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.2 
 
 
441 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2955  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.42 
 
 
464 aa  272  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.483673  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0877  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.04 
 
 
473 aa  272  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4207  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.73 
 
 
477 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  44.52 
 
 
458 aa  271  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0424  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  47.64 
 
 
451 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0197322 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1675  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  46.5 
 
 
629 aa  271  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.42 
 
 
464 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
462 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.97 
 
 
462 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2443  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.68 
 
 
454 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
472 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2324  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.18 
 
 
466 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0534699  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2195  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.93 
 
 
456 aa  270  4e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
462 aa  270  4e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
462 aa  270  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
443 aa  270  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
462 aa  270  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
462 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.76 
 
 
482 aa  270  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2087  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.89 
 
 
451 aa  270  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0926911 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 
462 aa  270  4e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.9 
 
 
457 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.73 
 
 
441 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
462 aa  269  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0704  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.01 
 
 
453 aa  269  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0749  response regulator receiver domain-containing protein  44.55 
 
 
455 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  45.07 
 
 
453 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.82 
 
 
462 aa  268  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3295  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.31 
 
 
452 aa  268  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2395  two component Fis family transcriptional regulator  45.72 
 
 
316 aa  266  4e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.61 
 
 
454 aa  267  4e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2671  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
449 aa  266  5e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.37 
 
 
463 aa  266  7e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2438  helix-turn-helix, Fis-type  42.56 
 
 
451 aa  266  7e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.213238  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5030  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.89 
 
 
449 aa  265  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3441  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.48 
 
 
451 aa  265  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260791  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 
458 aa  265  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.55 
 
 
441 aa  265  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>