292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0053 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  98.25 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0020  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.569703  normal  0.360507 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  91.8 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309270  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0002  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0059  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0005  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.570473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0004  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0019  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309366  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.983743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309213  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0024  tRNA-Thr  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0013  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0007  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0040  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0802458 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0044  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0011  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0488568  normal  0.109473 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0011  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0025  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000414519  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0036  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0037  tRNA-Thr  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309174  tRNA-Thr  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15370  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00052169  normal  0.0383592 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309101  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0034  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.580916  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0700  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0001  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 155 bp  50.1  0.00007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0024  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>