More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0011 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0488568  normal  0.109473 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0358  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.187515  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000215679  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0048  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000535442  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>