260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0020 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.569703  normal  0.360507 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0002  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309270  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309366  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.983743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0019  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309213  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0013  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309174  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309133  tRNA-Thr  86.36 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0044  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0037  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0059  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 155 bp  54  0.000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309101  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0011  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0488568  normal  0.109473 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0012  tRNA-Thr  84.42 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000302559  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0055  tRNA-Thr  84.42 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0011  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>