263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0916 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  62.64 
 
 
696 aa  890    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.93 
 
 
696 aa  672    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0291  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  63.62 
 
 
701 aa  847    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265784 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0916  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  100 
 
 
694 aa  1397    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0993  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.59 
 
 
693 aa  709    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1266  glycine--tRNA ligase  63.36 
 
 
696 aa  865    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.17 
 
 
687 aa  485  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.49 
 
 
694 aa  481  1e-134  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.93 
 
 
688 aa  477  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.58 
 
 
687 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.7 
 
 
687 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  39.22 
 
 
700 aa  459  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.57 
 
 
686 aa  456  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.42 
 
 
687 aa  457  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  39.25 
 
 
691 aa  444  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.56 
 
 
690 aa  444  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.46 
 
 
698 aa  444  1e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  39.8 
 
 
688 aa  441  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.64 
 
 
687 aa  442  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.49 
 
 
689 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.73 
 
 
688 aa  438  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  36.42 
 
 
695 aa  433  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.21 
 
 
689 aa  434  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.21 
 
 
689 aa  434  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.21 
 
 
689 aa  434  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.77 
 
 
689 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.77 
 
 
689 aa  430  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.77 
 
 
689 aa  430  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  39.13 
 
 
693 aa  430  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.77 
 
 
689 aa  430  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.63 
 
 
689 aa  428  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.63 
 
 
689 aa  428  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.84 
 
 
693 aa  427  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.63 
 
 
689 aa  428  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  37.63 
 
 
689 aa  428  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.81 
 
 
692 aa  426  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.21 
 
 
697 aa  428  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.41 
 
 
694 aa  427  1e-118  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  35.94 
 
 
690 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.92 
 
 
685 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.63 
 
 
689 aa  428  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.57 
 
 
688 aa  426  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.46 
 
 
689 aa  427  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.92 
 
 
689 aa  423  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.09 
 
 
688 aa  423  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.67 
 
 
705 aa  422  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.95 
 
 
694 aa  425  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.85 
 
 
689 aa  420  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.06 
 
 
689 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.21 
 
 
689 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.09 
 
 
688 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.77 
 
 
689 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.63 
 
 
684 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.87 
 
 
689 aa  422  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  37.25 
 
 
696 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.04 
 
 
684 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.77 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2581  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.58 
 
 
694 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.595681  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2210  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.58 
 
 
694 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.237877 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.05 
 
 
689 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.06 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.91 
 
 
690 aa  413  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.09 
 
 
689 aa  411  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.9 
 
 
688 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.63 
 
 
689 aa  412  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.52 
 
 
684 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.56 
 
 
685 aa  411  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.42 
 
 
684 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.42 
 
 
684 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.47 
 
 
689 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.47 
 
 
689 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.42 
 
 
689 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.47 
 
 
689 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.47 
 
 
689 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.47 
 
 
689 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0335  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.15 
 
 
687 aa  409  1.0000000000000001e-112  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.57 
 
 
689 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.01 
 
 
694 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  35.12 
 
 
688 aa  403  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1712  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.2 
 
 
702 aa  405  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00327927  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.28 
 
 
688 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  36.36 
 
 
688 aa  400  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2337  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.06 
 
 
711 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2388  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.06 
 
 
711 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1053  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.62 
 
 
678 aa  400  9.999999999999999e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.46 
 
 
688 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.39 
 
 
688 aa  397  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.78 
 
 
692 aa  398  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.88 
 
 
684 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.72 
 
 
688 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000120926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.72 
 
 
688 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.73 
 
 
684 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.73 
 
 
683 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.91 
 
 
690 aa  392  1e-107  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  35.46 
 
 
688 aa  392  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.59 
 
 
683 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.43 
 
 
688 aa  392  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.47 
 
 
693 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.49 
 
 
693 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.99 
 
 
692 aa  389  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>