More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2505 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2505  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 342 aa  699    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3000  transcriptional regulator, LacI family  53.08 
 
 		 346 aa  371  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0114429  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1461  transcriptional regulator, LacI family  37.01 
 
 		 333 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3367  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  31.9 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 347 aa  169  5e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2210  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2556  transcriptional regulator, LacI family  31.9 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000904675  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 335 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  29.8 
 
 		 340 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.09 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.85 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.83 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0150  LacI family transcription regulator  28.82 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  29.59 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2999  transcriptional regulator, LacI family  29.65 
 
 		 336 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000104253  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  29.66 
 
 		 339 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.57 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4284  LacI family transcription regulator  27.94 
 
 		 328 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6321  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.804003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.81 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2967  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.873465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.45 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2882  LacI family transcription regulator  28.2 
 
 		 339 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  31.25 
 
 		 339 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3019  LacI family transcription regulator  28.2 
 
 		 339 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.241706  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2358  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 339 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2972  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 339 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0425  transcriptional regulator, LacI family  27.94 
 
 		 328 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.401963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2992  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  30.37 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  28.24 
 
 		 336 aa  134  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  28.21 
 
 		 343 aa  132  6.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.95 
 
 		 336 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  31.1 
 
 		 338 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  29.51 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  30.84 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  30.43 
 
 		 333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  27.89 
 
 		 347 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  27.51 
 
 		 339 aa  129  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  26.57 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  26.79 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  27.43 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  28.99 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  30.79 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.57 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.51 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  26.49 
 
 		 329 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 346 aa  126  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  28.41 
 
 		 358 aa  126  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  28.21 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  31.59 
 
 		 341 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0454  LacI family transcription regulator  27.86 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 336 aa  126  7e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 		 342 aa  126  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  30.65 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  27.01 
 
 		 373 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  28.1 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  26.01 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  25.68 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  26.39 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  30.18 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.12 
 
 		 333 aa  124  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  27.75 
 
 		 336 aa  124  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  28.78 
 
 		 338 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  25.85 
 
 		 351 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  27.7 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  26.98 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  27.73 
 
 		 350 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.24 
 
 		 343 aa  122  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.6 
 
 		 348 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.24 
 
 		 343 aa  122  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.24 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.24 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 336 aa  122  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  29.24 
 
 		 340 aa  122  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.24 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  29.85 
 
 		 335 aa  122  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  29.6 
 
 		 348 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.24 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.24 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.24 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  28.45 
 
 		 333 aa  122  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>