More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0458 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0458  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
251 aa  526  1e-148  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000273086  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3322  exodeoxyribonuclease III Xth  73.52 
 
 
253 aa  404  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000530541  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0949  exodeoxyribonuclease III  72.18 
 
 
251 aa  395  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1192  exodeoxyribonuclease III  69.92 
 
 
250 aa  385  1e-106  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0173462  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  68.27 
 
 
250 aa  386  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  70.16 
 
 
250 aa  384  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000013952  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1377  exodeoxyribonuclease III  69.51 
 
 
250 aa  381  1e-105  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00689884  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0785  exodeoxyribonuclease III Xth  71.2 
 
 
251 aa  380  1e-104  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1460  exodeoxyribonuclease III  66.27 
 
 
252 aa  365  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000456655 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3839  exodeoxyribonuclease III  65.46 
 
 
252 aa  366  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  64.66 
 
 
252 aa  363  2e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  64.66 
 
 
252 aa  361  7.0000000000000005e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3584  exodeoxyribonuclease III  64.66 
 
 
252 aa  360  9e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3868  exodeoxyribonuclease III  64.66 
 
 
252 aa  360  9e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  64.66 
 
 
252 aa  360  9e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000021797 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3496  exodeoxyribonuclease III  65.46 
 
 
252 aa  358  3e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181471  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2271  exodeoxyribonuclease III Xth  65.6 
 
 
252 aa  343  1e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  64.52 
 
 
249 aa  341  5.999999999999999e-93  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  64.11 
 
 
249 aa  339  2e-92  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  62.9 
 
 
249 aa  334  9e-91  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11640  exodeoxyribonuclease III  59.46 
 
 
262 aa  329  3e-89  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  59.36 
 
 
257 aa  325  3e-88  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.361272  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0110  exodeoxyribonuclease III Xth  60.16 
 
 
259 aa  322  3e-87  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0939885 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1689  exonuclease III  56 
 
 
268 aa  313  9.999999999999999e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000145715  hitchhiker  0.000000000000014729 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0958  exodeoxyribonuclease III Xth  56.8 
 
 
253 aa  309  2.9999999999999997e-83  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0120  exodeoxyribonuclease III Xth  50.53 
 
 
285 aa  303  1.0000000000000001e-81  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1497  exodeoxyribonuclease III Xth  58.1 
 
 
253 aa  301  1e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1311  exodeoxyribonuclease III Xth  52.44 
 
 
253 aa  292  4e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0823  exodeoxyribonuclease III  53.6 
 
 
255 aa  281  6.000000000000001e-75  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  48.81 
 
 
258 aa  260  2e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1434  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 
248 aa  253  3e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0696  exodeoxyribonuclease III Xth  48.03 
 
 
257 aa  251  9.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0151551  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1064  exodeoxyribonuclease III  48.81 
 
 
255 aa  250  2e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0288989 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0551  exodeoxyribonuclease III  46.06 
 
 
336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  46.46 
 
 
255 aa  242  5e-63  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  46.06 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  46.15 
 
 
251 aa  235  6e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  45.45 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0107  exodeoxyribonuclease III Xth  45.16 
 
 
247 aa  231  1e-59  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2558  exodeoxyribonuclease III  45.31 
 
 
262 aa  228  6e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  44.84 
 
 
255 aa  228  8e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1722  exodeoxyribonuclease III  46.83 
 
 
252 aa  224  1e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  43.36 
 
 
256 aa  223  2e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0130  exodeoxyribonuclease III  44.27 
 
 
257 aa  223  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0392835 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0353  exodeoxyribonuclease III Xth  44.84 
 
 
255 aa  222  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.740813  normal  0.996047 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0174  exodeoxyribonuclease III  44.84 
 
 
253 aa  221  6e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.100757  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1210  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  43.88 
 
 
237 aa  220  9.999999999999999e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0491626  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1629  exodeoxyribonuclease III  46.83 
 
 
251 aa  220  1.9999999999999999e-56  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  44.09 
 
 
256 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2456  exodeoxyribonuclease III  44.09 
 
 
259 aa  218  7e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  41.27 
 
 
254 aa  218  1e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1528  exonuclease III  42.75 
 
 
272 aa  217  1e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  42.46 
 
 
254 aa  216  2e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0541  exodeoxyribonuclease III  45.49 
 
 
255 aa  216  2.9999999999999998e-55  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.008532  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0034  exonuclease III  43.01 
 
 
275 aa  215  7e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  41.9 
 
 
254 aa  214  9.999999999999999e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1508  3'-exo-deoxyribonuclease  43.75 
 
 
275 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000904963  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0045  exodeoxyribonuclease III  46.46 
 
 
252 aa  212  3.9999999999999995e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1799  exodeoxyribonuclease III  46.25 
 
 
252 aa  212  3.9999999999999995e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.123762  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  42.91 
 
 
253 aa  210  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0881  exodeoxyribonuclease III Xth  40.6 
 
 
268 aa  209  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  40.7 
 
 
254 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0089  exodeoxyribonuclease III  44.66 
 
 
252 aa  206  4e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0647861  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0254  exodeoxyribonuclease III  44.49 
 
 
259 aa  204  7e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1659  exonuclease III  42.07 
 
 
273 aa  204  1e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0282  exodeoxyribonuclease III  44.49 
 
 
259 aa  203  3e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0541  exodeoxyribonuclease III  42.86 
 
 
254 aa  202  4e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.50716  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0305  exodeoxyribonuclease III  44.09 
 
 
259 aa  202  4e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.859926  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  40.87 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  39.68 
 
 
254 aa  199  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1090  exodeoxyribonuclease III Xth  40.07 
 
 
275 aa  199  3e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406253  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  41.97 
 
 
274 aa  198  6e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.88161  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01760  exodeoxyribonuclease  40.32 
 
 
254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0441  exodeoxyribonuclease III (xth)  42.64 
 
 
264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0841  exonuclease III  40.93 
 
 
285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.193898  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  41.9 
 
 
261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1563  exodeoxyribonuclease  41.03 
 
 
275 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  39.53 
 
 
258 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  39.92 
 
 
258 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  40.23 
 
 
267 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.6 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_5808  predicted protein  41.97 
 
 
273 aa  188  5.999999999999999e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000562371  normal  0.329515 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  38.49 
 
 
257 aa  188  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2415  exodeoxyribonuclease III Xth  40.08 
 
 
270 aa  187  1e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  39.76 
 
 
259 aa  186  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  38.58 
 
 
260 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  38.98 
 
 
260 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  38.1 
 
 
257 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  38.1 
 
 
257 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
256 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
256 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
256 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
256 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
256 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
256 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  38.49 
 
 
256 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  38.1 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  36.12 
 
 
264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  38.1 
 
 
257 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  38.1 
 
 
257 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>