More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4271 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
256 aa  539  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  64.45 
 
 
254 aa  353  1e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  60.39 
 
 
253 aa  323  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  55.12 
 
 
254 aa  311  5.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  56.64 
 
 
254 aa  309  2.9999999999999997e-83  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01760  exodeoxyribonuclease  55.86 
 
 
254 aa  300  2e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  53.94 
 
 
254 aa  298  6e-80  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  47.84 
 
 
254 aa  264  8e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  48.83 
 
 
254 aa  259  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  47.47 
 
 
259 aa  242  3.9999999999999997e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  45.7 
 
 
261 aa  240  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  46.88 
 
 
258 aa  237  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  47.08 
 
 
257 aa  236  2e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  43.32 
 
 
251 aa  235  4e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.7 
 
 
257 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  45.7 
 
 
257 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  45.7 
 
 
257 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.05 
 
 
258 aa  235  6e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  46.88 
 
 
258 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  45.88 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  45.88 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  45.31 
 
 
257 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0823  exodeoxyribonuclease III  41.5 
 
 
255 aa  231  1e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  44.05 
 
 
256 aa  228  8e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 
256 aa  227  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  44.92 
 
 
256 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  44.92 
 
 
256 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  44.92 
 
 
256 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  44.92 
 
 
256 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  44.92 
 
 
256 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  44.92 
 
 
256 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  44.92 
 
 
256 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 
257 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  44.92 
 
 
257 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  44.53 
 
 
256 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  42.4 
 
 
249 aa  224  7e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1497  exodeoxyribonuclease III Xth  43.14 
 
 
253 aa  225  7e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  45.1 
 
 
259 aa  224  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  42.19 
 
 
257 aa  223  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.14 
 
 
257 aa  223  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  44.36 
 
 
259 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  45.17 
 
 
259 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  44.36 
 
 
259 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  44.19 
 
 
261 aa  221  7e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  44.19 
 
 
261 aa  221  7e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  44.53 
 
 
257 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  44.02 
 
 
250 aa  220  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000013952  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0458  exodeoxyribonuclease III Xth  44.09 
 
 
251 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000273086  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  41.6 
 
 
249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  43.6 
 
 
249 aa  219  3e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  43.97 
 
 
259 aa  219  3e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  44.19 
 
 
261 aa  219  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0541  exodeoxyribonuclease III  43.31 
 
 
255 aa  218  7e-56  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.008532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1192  exodeoxyribonuclease III  43.08 
 
 
250 aa  218  8.999999999999998e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0173462  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  43.97 
 
 
259 aa  218  8.999999999999998e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  43.8 
 
 
260 aa  217  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  41.2 
 
 
257 aa  216  2e-55  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.361272  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.44 
 
 
259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  43.14 
 
 
250 aa  215  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  43.41 
 
 
260 aa  215  5e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2558  exodeoxyribonuclease III  42.8 
 
 
262 aa  215  5e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0174  exodeoxyribonuclease III  40.78 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.100757  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0949  exodeoxyribonuclease III  43.92 
 
 
251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0353  exodeoxyribonuclease III Xth  40.78 
 
 
255 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.740813  normal  0.996047 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0130  exodeoxyribonuclease III  41.18 
 
 
257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0392835 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1377  exodeoxyribonuclease III  42.29 
 
 
250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00689884  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1434  exodeoxyribonuclease III Xth  42.35 
 
 
248 aa  213  3.9999999999999995e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1064  exodeoxyribonuclease III  41.8 
 
 
255 aa  212  3.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0288989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  41.22 
 
 
265 aa  210  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  42.86 
 
 
260 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  38.67 
 
 
255 aa  210  2e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1722  exodeoxyribonuclease III  43.19 
 
 
252 aa  210  2e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1799  exodeoxyribonuclease III  42.58 
 
 
252 aa  207  1e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.123762  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0551  exodeoxyribonuclease III  41.41 
 
 
336 aa  207  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  40.07 
 
 
266 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  41.25 
 
 
252 aa  206  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1460  exodeoxyribonuclease III  41.25 
 
 
252 aa  206  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000456655 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3584  exodeoxyribonuclease III  40.86 
 
 
252 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3868  exodeoxyribonuclease III  40.86 
 
 
252 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  43.46 
 
 
256 aa  204  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  40.86 
 
 
252 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000021797 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1629  exodeoxyribonuclease III  42.19 
 
 
251 aa  203  2e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  40.86 
 
 
252 aa  203  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  41.22 
 
 
262 aa  203  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  43.35 
 
 
267 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3839  exodeoxyribonuclease III  40.86 
 
 
252 aa  202  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  42.75 
 
 
264 aa  201  9e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3496  exodeoxyribonuclease III  40.86 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181471  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0785  exodeoxyribonuclease III Xth  41.18 
 
 
251 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  42.59 
 
 
263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0958  exodeoxyribonuclease III Xth  39.45 
 
 
253 aa  199  5e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  39.55 
 
 
266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  41.35 
 
 
267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0441  exodeoxyribonuclease III (xth)  39.92 
 
 
264 aa  196  3e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1210  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.41 
 
 
237 aa  196  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0491626  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3322  exodeoxyribonuclease III Xth  40 
 
 
253 aa  195  7e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000530541  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  39.22 
 
 
255 aa  194  8.000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0696  exodeoxyribonuclease III Xth  39.53 
 
 
257 aa  194  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0151551  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  41.29 
 
 
267 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  41.29 
 
 
267 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>