More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0277 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
267 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  74.53 
 
 
267 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  74.16 
 
 
267 aa  431  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  75 
 
 
264 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  73.03 
 
 
267 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  72.66 
 
 
263 aa  421  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  61.44 
 
 
319 aa  395  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  71.54 
 
 
266 aa  384  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  68.91 
 
 
263 aa  375  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  66.17 
 
 
262 aa  374  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  58.87 
 
 
257 aa  342  4e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  58.87 
 
 
257 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.87 
 
 
257 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  58.87 
 
 
257 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  58.49 
 
 
257 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  58.49 
 
 
257 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  58.11 
 
 
256 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  57.36 
 
 
256 aa  332  4e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  59.33 
 
 
260 aa  331  9e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.67 
 
 
259 aa  329  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  58.21 
 
 
260 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  56.55 
 
 
259 aa  322  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  56.82 
 
 
259 aa  322  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  56.55 
 
 
259 aa  321  8e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  55.97 
 
 
258 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  57.62 
 
 
261 aa  315  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.2 
 
 
257 aa  315  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  57.52 
 
 
261 aa  314  9e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  57.52 
 
 
261 aa  314  9e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  55.6 
 
 
260 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  56.34 
 
 
258 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  55.26 
 
 
259 aa  308  8e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  72.63 
 
 
349 aa  305  5.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  53.18 
 
 
259 aa  290  2e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  51.31 
 
 
261 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  50.56 
 
 
257 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  49.25 
 
 
257 aa  265  4e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 
256 aa  257  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  49.43 
 
 
260 aa  247  1e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  49.43 
 
 
260 aa  247  1e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  47.64 
 
 
266 aa  237  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  43.75 
 
 
265 aa  237  2e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  48.52 
 
 
266 aa  235  5.0000000000000005e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  42.39 
 
 
294 aa  231  9e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  45.35 
 
 
267 aa  230  2e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  44.36 
 
 
259 aa  229  4e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  46.67 
 
 
266 aa  226  3e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  43.98 
 
 
259 aa  226  4e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45.56 
 
 
266 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  40.07 
 
 
264 aa  219  3.9999999999999997e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  44.32 
 
 
267 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  42.03 
 
 
265 aa  217  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  41.98 
 
 
254 aa  206  4e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  40.93 
 
 
254 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  41.03 
 
 
272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  41.35 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  39.25 
 
 
254 aa  196  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  40.61 
 
 
254 aa  195  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3322  exodeoxyribonuclease III Xth  40.15 
 
 
253 aa  193  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000530541  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.4 
 
 
267 aa  194  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  36.5 
 
 
255 aa  194  2e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  37.36 
 
 
258 aa  193  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0458  exodeoxyribonuclease III Xth  40.23 
 
 
251 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000273086  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  39.13 
 
 
277 aa  190  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  39.23 
 
 
250 aa  190  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000013952  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 
259 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0949  exodeoxyribonuclease III  39.23 
 
 
251 aa  188  8e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  36.6 
 
 
249 aa  188  9e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  36.67 
 
 
259 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  39.23 
 
 
250 aa  187  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  39.25 
 
 
252 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 
259 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  36.3 
 
 
259 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  36.67 
 
 
259 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 
259 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  36.82 
 
 
251 aa  186  3e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 
259 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27900  exodeoxyribonuclease III Xth  38.6 
 
 
266 aa  186  4e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.408548  normal  0.79978 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  38.78 
 
 
254 aa  185  5e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  38.11 
 
 
258 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  36.67 
 
 
259 aa  184  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  36.67 
 
 
259 aa  184  9e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3584  exodeoxyribonuclease III  38.11 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  36.67 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3868  exodeoxyribonuclease III  38.11 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  38.11 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000021797 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0823  exodeoxyribonuclease III  36.78 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0698  exodeoxyribonuclease III Xth  38.55 
 
 
287 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.13034  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  38.11 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  36.33 
 
 
259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21350  exodeoxyribonuclease III Xth  40.43 
 
 
273 aa  183  3e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4873  exodeoxyribonuclease III Xth  39.35 
 
 
274 aa  183  3e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0668549  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11640  exodeoxyribonuclease III  38.91 
 
 
262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>