More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0254 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  100 
 
 		 259 aa  540  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  69.88 
 
 		 260 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  70.31 
 
 		 259 aa  387  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  67.95 
 
 		 259 aa  385  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  65.1 
 
 		 257 aa  366  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  66.02 
 
 		 258 aa  362  3e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  65.37 
 
 		 257 aa  358  5e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  66.02 
 
 		 260 aa  358  5e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  65.64 
 
 		 260 aa  357  9.999999999999999e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  65.12 
 
 		 256 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  64.98 
 
 		 257 aa  354  5.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  64.98 
 
 		 257 aa  354  5.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  63.81 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  63.81 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  63.81 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  64.48 
 
 		 259 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  63.81 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  63.81 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  63.81 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  63.81 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  64.59 
 
 		 257 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  64.09 
 
 		 259 aa  352  5e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  64.59 
 
 		 257 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  64.59 
 
 		 257 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  65.76 
 
 		 261 aa  351  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  65.76 
 
 		 261 aa  351  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  63.71 
 
 		 259 aa  350  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  66.41 
 
 		 261 aa  350  2e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  64.62 
 
 		 261 aa  349  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  62.16 
 
 		 257 aa  347  8e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  63.04 
 
 		 256 aa  346  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  65.64 
 
 		 258 aa  344  8.999999999999999e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  64.26 
 
 		 262 aa  339  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  66.92 
 
 		 263 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  61.6 
 
 		 263 aa  332  4e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  60.67 
 
 		 267 aa  329  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  60.85 
 
 		 257 aa  328  7e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  61.09 
 
 		 256 aa  315  6e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  58.43 
 
 		 267 aa  314  7e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  58.43 
 
 		 267 aa  314  7e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  59.25 
 
 		 264 aa  310  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  58.33 
 
 		 267 aa  309  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  51.57 
 
 		 319 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  59.4 
 
 		 266 aa  297  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  52.9 
 
 		 259 aa  295  7e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  55.17 
 
 		 260 aa  292  3e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  55.17 
 
 		 260 aa  292  3e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  52.51 
 
 		 259 aa  291  1e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  53.93 
 
 		 266 aa  285  4e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  52.63 
 
 		 266 aa  273  1.0000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  50.19 
 
 		 267 aa  266  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  50.57 
 
 		 265 aa  266  2e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  51.88 
 
 		 266 aa  260  1e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  51.13 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  47.91 
 
 		 264 aa  253  3e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  46.44 
 
 		 294 aa  246  4e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  46.97 
 
 		 265 aa  245  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  49.43 
 
 		 267 aa  244  9.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  43.7 
 
 		 254 aa  230  2e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  43.68 
 
 		 255 aa  227  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  42.64 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  43.08 
 
 		 254 aa  225  6e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  41.7 
 
 		 259 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  42.08 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  42.08 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  42.47 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  42.08 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  42.47 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  41.7 
 
 		 259 aa  221  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  42.58 
 
 		 254 aa  221  9.999999999999999e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  42.08 
 
 		 259 aa  220  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  40.62 
 
 		 259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  41.31 
 
 		 259 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  44.36 
 
 		 254 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  40.93 
 
 		 259 aa  218  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.81 
 
 		 349 aa  218  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  44.44 
 
 		 256 aa  216  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  40.55 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  40.89 
 
 		 251 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  43.31 
 
 		 255 aa  208  7e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  45.19 
 
 		 272 aa  207  1e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  40.62 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  41.25 
 
 		 253 aa  202  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.41 
 
 		 267 aa  202  3e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3671  histidine kinase  38.52 
 
 		 261 aa  201  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.148225 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  41.76 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  41.25 
 
 		 256 aa  199  3.9999999999999996e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  42.13 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21350  exodeoxyribonuclease III Xth  42.8 
 
 		 273 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  39.76 
 
 		 254 aa  196  3e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0547  exodeoxyribonuclease III Xth  36.98 
 
 		 268 aa  194  9e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1497  exodeoxyribonuclease III Xth  40.16 
 
 		 253 aa  194  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  37.65 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2558  exodeoxyribonuclease III  39.37 
 
 		 262 aa  193  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  38.58 
 
 		 250 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4873  exodeoxyribonuclease III Xth  40.66 
 
 		 274 aa  192  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0668549  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  38.85 
 
 		 257 aa  192  5e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  40.08 
 
 		 252 aa  192  6e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04750  exodeoxyribonuclease III  40.59 
 
 		 308 aa  191  8e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.989341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  39.68 
 
 		 252 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000021797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>