More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4939 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5492  glycolate oxidase FAD binding subunit  97.5 
 
 		 360 aa  700    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0032  glycolate oxidase FAD binding subunit  90.45 
 
 		 358 aa  645    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4939  glycolate oxidase FAD binding subunit  100 
 
 		 360 aa  714    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2220  glycolate oxidase FAD binding subunit  67.89 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6393  glycolate oxidase FAD binding subunit  65.92 
 
 		 355 aa  461  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5642  glycolate oxidase FAD binding subunit  65.17 
 
 		 355 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.589052 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7455  glycolate oxidase FAD binding subunit  64.07 
 
 		 358 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0108984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2218  glycolate oxidase FAD binding subunit  61.13 
 
 		 354 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000776663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3256  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.29 
 
 		 350 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3438  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.29 
 
 		 350 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3332  glycolate oxidase FAD binding subunit  61.43 
 
 		 352 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196068  decreased coverage  0.000126802 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0718  FAD linked oxidase domain protein  59.43 
 
 		 350 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0202  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.34 
 
 		 351 aa  421  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.435093 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3151  glycolate oxidase FAD binding subunit  59.43 
 
 		 350 aa  422  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6131  glycolate oxidase FAD binding subunit  63.43 
 
 		 359 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0722  glycolate oxidase FAD binding subunit  59.71 
 
 		 350 aa  423  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02847  glycolate oxidase FAD binding subunit  59.43 
 
 		 350 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171444  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3556  glycolate oxidase, subunit GlcE  61.43 
 
 		 352 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.084047  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02797  hypothetical protein  59.43 
 
 		 350 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.152716  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70680  glycolate oxidase FAD binding subunit  62.57 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3746  glycolate oxidase FAD binding subunit  59.71 
 
 		 350 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2158  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.29 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.225237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2017  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.29 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43320  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.4 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.972909  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2201  glycolate oxidase FAD binding subunit  58.57 
 
 		 350 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.647305  normal  0.565605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2305  FAD linked oxidase domain-containing protein  58.57 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2688  glycolate oxidase FAD binding subunit  53.37 
 
 		 374 aa  339  2.9999999999999998e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.87323  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2038  FAD linked oxidase domain protein  52.56 
 
 		 353 aa  326  3e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2515  glycolate oxidase FAD binding subunit  50 
 
 		 362 aa  324  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0649  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.31 
 
 		 362 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2653  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.58 
 
 		 362 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0701  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.75 
 
 		 362 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280223 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0249  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.75 
 
 		 362 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355249  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0733  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.75 
 
 		 362 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2984  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3819  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.48 
 
 		 362 aa  319  5e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0623  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.03 
 
 		 362 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197587  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3303  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.31 
 
 		 358 aa  309  4e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.625485  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3259  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.46 
 
 		 376 aa  308  6.999999999999999e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.809421 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3979  glycolate oxidase FAD binding subunit  47.65 
 
 		 362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0844  glycolate oxidase FAD binding subunit  47.31 
 
 		 356 aa  306  5.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1651  glycolate oxidase FAD binding subunit  45.71 
 
 		 352 aa  304  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0468167 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0719  glycolate oxidase FAD binding subunit  47.37 
 
 		 362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.84862 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1361  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.02 
 
 		 370 aa  301  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3343  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1664  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.02 
 
 		 370 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1638  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.79 
 
 		 356 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2413  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3297  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0046  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.44 
 
 		 348 aa  300  3e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0330  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2600  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1191  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3331  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.602034  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1290  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.2 
 
 		 362 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1886  glycolate oxidase FAD binding subunit  43.84 
 
 		 352 aa  294  2e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.662543  normal  0.0155571 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0174  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.13 
 
 		 364 aa  290  4e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.332966  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3314  glycolate oxidase FAD binding subunit  47.19 
 
 		 349 aa  288  8e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00745184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2792  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.17 
 
 		 367 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1171  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.18 
 
 		 375 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.829373 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1895  glycolate oxidase FAD binding subunit  46.02 
 
 		 354 aa  286  4e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243044 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0222  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.28 
 
 		 362 aa  285  5.999999999999999e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.608394  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2903  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.32 
 
 		 377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0960  FAD linked oxidase  48.5 
 
 		 368 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0187  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.86 
 
 		 368 aa  282  8.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2497  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.58 
 
 		 377 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2928  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.14 
 
 		 367 aa  279  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3639  FAD linked oxidase  48.52 
 
 		 376 aa  278  1e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal  0.957276 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2667  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.01 
 
 		 372 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.779861  normal  0.298622 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0166  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.98 
 
 		 369 aa  260  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0184  FAD linked oxidase domain protein  45.98 
 
 		 369 aa  259  4e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0232347  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0242  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.64 
 
 		 404 aa  259  7e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0304  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.8 
 
 		 422 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1500  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.3 
 
 		 353 aa  255  8e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.914379  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3312  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.04 
 
 		 378 aa  249  8e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0123  glycolate oxidase FAD binding subunit  43.77 
 
 		 382 aa  247  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239299  normal  0.299437 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0480  glycolate oxidase FAD binding subunit  42.34 
 
 		 390 aa  246  6e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1893  FAD linked oxidase domain protein  45.95 
 
 		 370 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0223  FAD linked oxidase domain protein  46.82 
 
 		 368 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1782  FAD linked oxidase domain-containing protein  38.27 
 
 		 381 aa  206  6e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3011  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.25 
 
 		 410 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0181  glycolate oxidase, subunit GlcE  37.19 
 
 		 410 aa  188  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.392345  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0395  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.18 
 
 		 405 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal  0.395676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0495  FAD linked oxidase domain protein  35.15 
 
 		 399 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.220938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0451  FAD linked oxidase domain protein  35.57 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1663  glycolate oxidase, subunit GlcE  33.58 
 
 		 412 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2541  FAD linked oxidase domain protein  37.24 
 
 		 401 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0691  FAD linked oxidase-like  35.69 
 
 		 381 aa  172  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0966984 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0363  FAD linked oxidase-like  35.58 
 
 		 402 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4787  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.99 
 
 		 396 aa  172  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231636  normal  0.59925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1765  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.68 
 
 		 396 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.360352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1322  FAD linked oxidase domain protein  32.44 
 
 		 413 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1869  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.68 
 
 		 403 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.212754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0209  FAD linked oxidase domain-containing protein  38.08 
 
 		 358 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.220436 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5254  FAD linked oxidase domain protein  37.99 
 
 		 396 aa  169  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.961899 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4398  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.73 
 
 		 377 aa  169  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833067  normal  0.212709 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5788  glycolate oxidase subunit  35.56 
 
 		 405 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4136  FAD linked oxidase-like  32.27 
 
 		 413 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.711925 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1828  FAD linked oxidase-like  32.27 
 
 		 416 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.850639  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5330  FAD linked oxidase domain protein  38.52 
 
 		 396 aa  165  9e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2679  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.83 
 
 		 358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>