More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4136 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1828  FAD linked oxidase-like  92.93 
 
 		 416 aa  764    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.850639  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4735  FAD linked oxidase-like  79.37 
 
 		 413 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.581716 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4136  FAD linked oxidase-like  100 
 
 		 413 aa  825    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.711925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1322  FAD linked oxidase domain protein  86.89 
 
 		 413 aa  727    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1663  glycolate oxidase, subunit GlcE  72.62 
 
 		 412 aa  599  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3203  FAD linked oxidase-like  70.66 
 
 		 452 aa  597  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2580  FAD linked oxidase  70.53 
 
 		 416 aa  585  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0363  FAD linked oxidase-like  49.02 
 
 		 402 aa  371  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0181  glycolate oxidase, subunit GlcE  50.86 
 
 		 410 aa  365  1e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.392345  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3011  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.28 
 
 		 410 aa  359  6e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2541  FAD linked oxidase domain protein  46.83 
 
 		 401 aa  331  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1869  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.78 
 
 		 403 aa  330  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.212754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1900  FAD linked oxidase domain-containing protein  45 
 
 		 437 aa  322  7e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0395  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.21 
 
 		 405 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal  0.395676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0495  FAD linked oxidase domain protein  41.91 
 
 		 399 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.220938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0677  FAD linked oxidase domain protein  45.43 
 
 		 395 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4651  FAD linked oxidase domain-containing protein  44 
 
 		 395 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2895  hypothetical protein  44.96 
 
 		 378 aa  282  7.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.510368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1765  FAD linked oxidase domain-containing protein  44.94 
 
 		 396 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.360352 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5788  glycolate oxidase subunit  43.19 
 
 		 405 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4787  FAD linked oxidase domain-containing protein  42.58 
 
 		 396 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231636  normal  0.59925 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5254  FAD linked oxidase domain protein  42.34 
 
 		 396 aa  276  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.961899 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0451  FAD linked oxidase domain protein  41.18 
 
 		 399 aa  276  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5330  FAD linked oxidase domain protein  44.85 
 
 		 396 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2549  FAD linked oxidase domain-containing protein  40.16 
 
 		 392 aa  245  9e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0691  FAD linked oxidase-like  41.54 
 
 		 381 aa  242  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0966984 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2501  FAD linked oxidase-like  41.31 
 
 		 363 aa  242  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1267  FAD linked oxidase domain protein  38.15 
 
 		 406 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.606342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0209  FAD linked oxidase domain-containing protein  40.89 
 
 		 358 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.220436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1019  putative glycolate oxidase subunit protein  39.85 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2679  FAD linked oxidase domain-containing protein  39.85 
 
 		 358 aa  226  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0992  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.6 
 
 		 390 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.137928  normal  0.200899 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4398  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.99 
 
 		 377 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833067  normal  0.212709 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2653  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.17 
 
 		 362 aa  190  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3314  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.75 
 
 		 349 aa  189  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00745184 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2515  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.84 
 
 		 362 aa  189  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0649  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.43 
 
 		 362 aa  188  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0480  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.08 
 
 		 390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0046  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.29 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1664  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.81 
 
 		 370 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1361  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.81 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0623  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.43 
 
 		 362 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197587  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0719  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.18 
 
 		 362 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.84862 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0701  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.42 
 
 		 362 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280223 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0249  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.42 
 
 		 362 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355249  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0733  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.42 
 
 		 362 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2984  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3819  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.82 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0960  FAD linked oxidase  34.05 
 
 		 368 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3639  FAD linked oxidase  35.1 
 
 		 376 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal  0.957276 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2792  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.92 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2903  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.58 
 
 		 377 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3979  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.84 
 
 		 362 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3259  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.16 
 
 		 376 aa  178  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.809421 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0844  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.84 
 
 		 356 aa  176  7e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2497  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.08 
 
 		 377 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1171  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.12 
 
 		 375 aa  173  3.9999999999999995e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.829373 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2038  FAD linked oxidase domain protein  33.09 
 
 		 353 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2928  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.4 
 
 		 367 aa  173  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2305  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.76 
 
 		 350 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0123  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.82 
 
 		 382 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239299  normal  0.299437 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5642  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.09 
 
 		 355 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.589052 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0166  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.09 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70680  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.86 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0304  FAD linked oxidase domain-containing protein  36.3 
 
 		 422 aa  171  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0174  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.99 
 
 		 364 aa  170  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.332966  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6393  glycolate oxidase FAD binding subunit  31.54 
 
 		 355 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0184  FAD linked oxidase domain protein  32.84 
 
 		 369 aa  169  8e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0232347  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1638  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.81 
 
 		 356 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2667  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.08 
 
 		 372 aa  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.779861  normal  0.298622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6131  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.43 
 
 		 359 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4939  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.27 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7455  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.01 
 
 		 358 aa  167  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0108984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5492  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.03 
 
 		 360 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0242  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.95 
 
 		 404 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3256  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.59 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3303  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.25 
 
 		 358 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.625485  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0032  glycolate oxidase FAD binding subunit  31.86 
 
 		 358 aa  163  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3438  glycolate oxidase FAD binding subunit  31.58 
 
 		 350 aa  163  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2688  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.45 
 
 		 374 aa  161  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.87323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3556  glycolate oxidase, subunit GlcE  30.98 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.084047  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0187  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.5 
 
 		 368 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02847  glycolate oxidase FAD binding subunit  30.83 
 
 		 350 aa  160  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171444  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02797  hypothetical protein  30.83 
 
 		 350 aa  160  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.152716  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43320  glycolate oxidase FAD binding subunit  31.92 
 
 		 351 aa  160  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.972909  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0722  glycolate oxidase FAD binding subunit  30.58 
 
 		 350 aa  159  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1651  glycolate oxidase FAD binding subunit  31.44 
 
 		 352 aa  158  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0468167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2218  glycolate oxidase FAD binding subunit  31.3 
 
 		 354 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000776663  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0718  FAD linked oxidase domain protein  30.35 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0202  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.49 
 
 		 351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.435093 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3343  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3151  glycolate oxidase FAD binding subunit  30.35 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2017  glycolate oxidase FAD binding subunit  30.1 
 
 		 350 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2413  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3297  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3331  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.602034  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1191  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2600  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0330  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2158  glycolate oxidase FAD binding subunit  29.75 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.225237 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1290  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.33 
 
 		 362 aa  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>