More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0395 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0395  FAD linked oxidase domain-containing protein  100 
 
 
405 aa  795    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal  0.395676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0495  FAD linked oxidase domain protein  65.83 
 
 
399 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.220938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0451  FAD linked oxidase domain protein  66.83 
 
 
399 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5788  glycolate oxidase subunit  65.23 
 
 
405 aa  467  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3011  FAD linked oxidase domain-containing protein  54.39 
 
 
410 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0181  glycolate oxidase, subunit GlcE  53.38 
 
 
410 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.392345  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0363  FAD linked oxidase-like  52.39 
 
 
402 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1765  FAD linked oxidase domain-containing protein  53.28 
 
 
396 aa  352  5e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.360352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4787  FAD linked oxidase domain-containing protein  51.25 
 
 
396 aa  345  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231636  normal  0.59925 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5254  FAD linked oxidase domain protein  51 
 
 
396 aa  344  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.961899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5330  FAD linked oxidase domain protein  51 
 
 
396 aa  341  1e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0677  FAD linked oxidase domain protein  52.66 
 
 
395 aa  339  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4651  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.13 
 
 
395 aa  331  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2541  FAD linked oxidase domain protein  47.25 
 
 
401 aa  331  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2895  hypothetical protein  52.64 
 
 
378 aa  324  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.510368  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0691  FAD linked oxidase-like  48.64 
 
 
381 aa  318  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0966984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1900  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.68 
 
 
437 aa  302  5.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1828  FAD linked oxidase-like  41.46 
 
 
416 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.850639  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1663  glycolate oxidase, subunit GlcE  41.92 
 
 
412 aa  295  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291597  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4136  FAD linked oxidase-like  41.46 
 
 
413 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.711925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3203  FAD linked oxidase-like  42.03 
 
 
452 aa  290  3e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4735  FAD linked oxidase-like  43.46 
 
 
413 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.581716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2580  FAD linked oxidase  43.75 
 
 
416 aa  288  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1869  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.39 
 
 
403 aa  288  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.212754  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1322  FAD linked oxidase domain protein  39.95 
 
 
413 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4398  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.58 
 
 
377 aa  280  4e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833067  normal  0.212709 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2549  FAD linked oxidase domain-containing protein  43.28 
 
 
392 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2501  FAD linked oxidase-like  44.47 
 
 
363 aa  266  4e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2679  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.84 
 
 
358 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1019  putative glycolate oxidase subunit protein  46.58 
 
 
358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0209  FAD linked oxidase domain-containing protein  44.92 
 
 
358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.220436 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0992  FAD linked oxidase domain-containing protein  43.11 
 
 
390 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.137928  normal  0.200899 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1267  FAD linked oxidase domain protein  39.8 
 
 
406 aa  229  6e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.606342  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70680  glycolate oxidase FAD binding subunit  39.95 
 
 
359 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6131  glycolate oxidase FAD binding subunit  39.56 
 
 
359 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43320  glycolate oxidase FAD binding subunit  38.54 
 
 
351 aa  216  5e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.972909  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2305  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.02 
 
 
350 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271415  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2688  glycolate oxidase FAD binding subunit  39.2 
 
 
374 aa  212  7.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.87323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2158  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.91 
 
 
350 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.225237 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0202  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.5 
 
 
351 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.435093 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1361  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.46 
 
 
370 aa  203  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0184  FAD linked oxidase domain protein  37.22 
 
 
369 aa  203  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0232347  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1664  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.46 
 
 
370 aa  203  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0480  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.72 
 
 
390 aa  203  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0166  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.22 
 
 
369 aa  203  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3746  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.41 
 
 
350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341002  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0032  glycolate oxidase FAD binding subunit  38.56 
 
 
358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2017  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.47 
 
 
350 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3332  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.23 
 
 
352 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196068  decreased coverage  0.000126802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2201  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.93 
 
 
350 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.647305  normal  0.565605 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0844  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.55 
 
 
356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3556  glycolate oxidase, subunit GlcE  36.55 
 
 
352 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.084047  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2903  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.5 
 
 
377 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2667  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.91 
 
 
372 aa  197  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.779861  normal  0.298622 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0304  FAD linked oxidase domain-containing protein  38 
 
 
422 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6393  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.55 
 
 
355 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2218  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.42 
 
 
354 aa  196  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000776663  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2792  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.27 
 
 
367 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3303  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.17 
 
 
358 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.625485  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0960  FAD linked oxidase  37.16 
 
 
368 aa  194  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0242  FAD linked oxidase domain-containing protein  39.17 
 
 
404 aa  194  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5492  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.6 
 
 
360 aa  193  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4939  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.18 
 
 
360 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0046  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.6 
 
 
348 aa  192  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5642  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.66 
 
 
355 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.589052 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3438  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 
350 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2220  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.81 
 
 
355 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00861601 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0649  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.64 
 
 
362 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3256  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.68 
 
 
350 aa  190  4e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2497  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.04 
 
 
377 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0623  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.39 
 
 
362 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197587  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2653  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.32 
 
 
362 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3314  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.53 
 
 
349 aa  188  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00745184 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1651  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.92 
 
 
352 aa  187  3e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0468167 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2928  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.84 
 
 
367 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0123  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.18 
 
 
382 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239299  normal  0.299437 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3979  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.64 
 
 
362 aa  186  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1171  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.75 
 
 
375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.829373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3259  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.63 
 
 
376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.809421 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0719  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.11 
 
 
362 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.84862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2038  FAD linked oxidase domain protein  36.59 
 
 
353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02847  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.7 
 
 
350 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171444  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02797  hypothetical protein  34.7 
 
 
350 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.152716  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0718  FAD linked oxidase domain protein  34.45 
 
 
350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3151  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.45 
 
 
350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0722  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.45 
 
 
350 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0701  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.86 
 
 
362 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.280223 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0249  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.86 
 
 
362 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355249  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0733  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.86 
 
 
362 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2984  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1638  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.72 
 
 
356 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3819  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.35 
 
 
362 aa  180  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7455  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.49 
 
 
358 aa  179  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0108984  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0174  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.87 
 
 
364 aa  179  9e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.332966  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2515  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.31 
 
 
362 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3639  FAD linked oxidase  35 
 
 
376 aa  177  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal  0.957276 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1886  glycolate oxidase FAD binding subunit  31.12 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.662543  normal  0.0155571 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1895  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.96 
 
 
354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.243044 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0222  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.07 
 
 
362 aa  169  8e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.608394  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1290  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.11 
 
 
362 aa  166  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0187  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.03 
 
 
368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>