More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5788 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5788  glycolate oxidase subunit  100 
 
 		 405 aa  800    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0451  FAD linked oxidase domain protein  65.4 
 
 		 399 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0495  FAD linked oxidase domain protein  64.39 
 
 		 399 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.220938 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0395  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.22 
 
 		 405 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal  0.395676 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3011  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.88 
 
 		 410 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0181  glycolate oxidase, subunit GlcE  49.49 
 
 		 410 aa  354  1e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.392345  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0363  FAD linked oxidase-like  48.99 
 
 		 402 aa  351  1e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4787  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.12 
 
 		 396 aa  324  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231636  normal  0.59925 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5254  FAD linked oxidase domain protein  49.37 
 
 		 396 aa  324  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.961899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5330  FAD linked oxidase domain protein  48.87 
 
 		 396 aa  323  5e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0677  FAD linked oxidase domain protein  48.11 
 
 		 395 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4651  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.84 
 
 		 395 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2541  FAD linked oxidase domain protein  44.86 
 
 		 401 aa  311  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1765  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.99 
 
 		 396 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.360352 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2895  hypothetical protein  48.09 
 
 		 378 aa  306  6e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.510368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1322  FAD linked oxidase domain protein  42.93 
 
 		 413 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1663  glycolate oxidase, subunit GlcE  43.14 
 
 		 412 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4136  FAD linked oxidase-like  42.43 
 
 		 413 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.711925 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1828  FAD linked oxidase-like  41.44 
 
 		 416 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.850639  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0691  FAD linked oxidase-like  44.61 
 
 		 381 aa  285  7e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0966984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1900  FAD linked oxidase domain-containing protein  43.38 
 
 		 437 aa  285  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4735  FAD linked oxidase-like  43.42 
 
 		 413 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.581716 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1869  FAD linked oxidase domain-containing protein  43.5 
 
 		 403 aa  279  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.212754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3203  FAD linked oxidase-like  40.7 
 
 		 452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2501  FAD linked oxidase-like  45.43 
 
 		 363 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0209  FAD linked oxidase domain-containing protein  44.92 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.220436 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2580  FAD linked oxidase  41.51 
 
 		 416 aa  267  2e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2679  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.32 
 
 		 358 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1019  putative glycolate oxidase subunit protein  45.06 
 
 		 358 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4398  FAD linked oxidase domain-containing protein  43.18 
 
 		 377 aa  263  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833067  normal  0.212709 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2549  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.62 
 
 		 392 aa  259  8e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1267  FAD linked oxidase domain protein  39.59 
 
 		 406 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.606342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0992  FAD linked oxidase domain-containing protein  40.85 
 
 		 390 aa  210  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.137928  normal  0.200899 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2792  glycolate oxidase FAD binding subunit  38.76 
 
 		 367 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43320  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.71 
 
 		 351 aa  196  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.972909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3303  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.36 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.625485  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0202  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.79 
 
 		 351 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.435093 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0480  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.51 
 
 		 390 aa  193  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2038  FAD linked oxidase domain protein  37.2 
 
 		 353 aa  192  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3314  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.47 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00745184 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1664  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.7 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2903  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.11 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1361  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.7 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3556  glycolate oxidase, subunit GlcE  36.46 
 
 		 352 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.084047  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1651  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.42 
 
 		 352 aa  186  5e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0468167 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2653  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.94 
 
 		 362 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2305  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.86 
 
 		 350 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6131  glycolate oxidase FAD binding subunit  38.1 
 
 		 359 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0123  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.7 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239299  normal  0.299437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2158  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.97 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.225237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2017  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.77 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2688  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.62 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.87323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3332  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.79 
 
 		 352 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196068  decreased coverage  0.000126802 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70680  glycolate oxidase FAD binding subunit  37.89 
 
 		 359 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3746  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.51 
 
 		 350 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341002  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2667  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.23 
 
 		 372 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.779861  normal  0.298622 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2497  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.69 
 
 		 377 aa  183  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5492  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.77 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129561 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5642  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.92 
 
 		 355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.589052 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0649  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.19 
 
 		 362 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1886  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.42 
 
 		 352 aa  181  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.662543  normal  0.0155571 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6393  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.74 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0166  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.92 
 
 		 369 aa  180  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0046  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.68 
 
 		 348 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0184  FAD linked oxidase domain protein  35.66 
 
 		 369 aa  178  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0232347  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2928  glycolate oxidase FAD binding subunit  38.4 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0623  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.94 
 
 		 362 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197587  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0719  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.7 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.84862 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4939  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.26 
 
 		 360 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3256  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.19 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3639  FAD linked oxidase  34.99 
 
 		 376 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal  0.957276 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0701  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.43 
 
 		 362 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280223 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0249  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.43 
 
 		 362 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355249  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0733  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.43 
 
 		 362 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2984  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0187  glycolate oxidase FAD binding subunit  36.34 
 
 		 368 aa  176  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0960  FAD linked oxidase  34.96 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0844  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.59 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2201  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.73 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.647305  normal  0.565605 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3979  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.38 
 
 		 362 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0032  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.51 
 
 		 358 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1290  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  172  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02847  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.13 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171444  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02797  hypothetical protein  34.13 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.152716  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3819  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.5 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1638  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.92 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3438  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.39 
 
 		 350 aa  171  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0722  glycolate oxidase FAD binding subunit  34.13 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3343  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1895  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.79 
 
 		 354 aa  169  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3259  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.95 
 
 		 376 aa  169  9e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.809421 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1191  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7455  glycolate oxidase FAD binding subunit  33.25 
 
 		 358 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0108984  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2413  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0174  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.7 
 
 		 364 aa  169  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.332966  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2600  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2220  glycolate oxidase FAD binding subunit  32.41 
 
 		 355 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861601 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3297  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3331  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.602034  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0330  glycolate oxidase FAD binding subunit  35.48 
 
 		 362 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0718  FAD linked oxidase domain protein  33.86 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>