More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0202 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0202  glycolate oxidase FAD binding subunit  100 
 
 		 351 aa  702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.435093 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43320  glycolate oxidase FAD binding subunit  76.99 
 
 		 351 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.972909  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2305  FAD linked oxidase domain-containing protein  76.64 
 
 		 350 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2158  glycolate oxidase FAD binding subunit  73.79 
 
 		 350 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.225237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2201  glycolate oxidase FAD binding subunit  73.79 
 
 		 350 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.647305  normal  0.565605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3746  glycolate oxidase FAD binding subunit  72.08 
 
 		 350 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2017  glycolate oxidase FAD binding subunit  72.65 
 
 		 350 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3332  glycolate oxidase FAD binding subunit  71.92 
 
 		 352 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196068  decreased coverage  0.000126802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2218  glycolate oxidase FAD binding subunit  70 
 
 		 354 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000776663  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3556  glycolate oxidase, subunit GlcE  70.2 
 
 		 352 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.084047  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3256  glycolate oxidase FAD binding subunit  66.1 
 
 		 350 aa  468  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02847  glycolate oxidase FAD binding subunit  65.81 
 
 		 350 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0722  glycolate oxidase FAD binding subunit  65.81 
 
 		 350 aa  465  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3438  glycolate oxidase FAD binding subunit  66.38 
 
 		 350 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02797  hypothetical protein  65.81 
 
 		 350 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.152716  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0718  FAD linked oxidase domain protein  65.53 
 
 		 350 aa  463  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3151  glycolate oxidase FAD binding subunit  65.53 
 
 		 350 aa  463  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6131  glycolate oxidase FAD binding subunit  65.13 
 
 		 359 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5642  glycolate oxidase FAD binding subunit  61.13 
 
 		 355 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.589052 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0032  glycolate oxidase FAD binding subunit  61.65 
 
 		 358 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5492  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.91 
 
 		 360 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129561 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7455  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.17 
 
 		 358 aa  421  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0108984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2220  glycolate oxidase FAD binding subunit  62.14 
 
 		 355 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861601 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4939  glycolate oxidase FAD binding subunit  60.34 
 
 		 360 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70680  glycolate oxidase FAD binding subunit  64.27 
 
 		 359 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6393  glycolate oxidase FAD binding subunit  59.94 
 
 		 355 aa  408  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2688  glycolate oxidase FAD binding subunit  56.37 
 
 		 374 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.87323  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2515  glycolate oxidase FAD binding subunit  52.21 
 
 		 362 aa  352  7e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0701  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.52 
 
 		 362 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280223 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0249  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.52 
 
 		 362 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355249  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0733  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.52 
 
 		 362 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2984  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2653  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.96 
 
 		 362 aa  344  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0623  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.52 
 
 		 362 aa  344  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0649  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.24 
 
 		 362 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0844  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.72 
 
 		 356 aa  342  7e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1664  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.7 
 
 		 370 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1361  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.42 
 
 		 370 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3819  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.59 
 
 		 362 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1638  glycolate oxidase FAD binding subunit  55.49 
 
 		 356 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3979  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.59 
 
 		 362 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0719  glycolate oxidase FAD binding subunit  50 
 
 		 362 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.84862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2038  FAD linked oxidase domain protein  52.41 
 
 		 353 aa  333  2e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2413  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.96 
 
 		 362 aa  322  4e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3297  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.96 
 
 		 362 aa  322  4e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2600  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.96 
 
 		 362 aa  322  4e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1290  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.86 
 
 		 362 aa  322  4e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0330  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.96 
 
 		 362 aa  322  4e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3331  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.96 
 
 		 362 aa  322  4e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.602034  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1191  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.96 
 
 		 362 aa  322  4e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2792  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.5 
 
 		 367 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3343  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.69 
 
 		 362 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1895  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.87 
 
 		 354 aa  320  3e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3259  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.32 
 
 		 376 aa  318  6e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.809421 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2928  glycolate oxidase FAD binding subunit  50 
 
 		 367 aa  319  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3314  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.59 
 
 		 349 aa  318  7e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00745184 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0046  glycolate oxidase FAD binding subunit  53.18 
 
 		 348 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2903  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.49 
 
 		 377 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2497  glycolate oxidase FAD binding subunit  48.9 
 
 		 377 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0174  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.72 
 
 		 364 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.332966  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3639  FAD linked oxidase  47.58 
 
 		 376 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal  0.957276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0187  glycolate oxidase FAD binding subunit  51.52 
 
 		 368 aa  300  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1651  glycolate oxidase FAD binding subunit  44.41 
 
 		 352 aa  296  4e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0468167 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2667  glycolate oxidase FAD binding subunit  49.32 
 
 		 372 aa  293  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.779861  normal  0.298622 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1886  glycolate oxidase FAD binding subunit  42.82 
 
 		 352 aa  287  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.662543  normal  0.0155571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0304  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.33 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0123  glycolate oxidase FAD binding subunit  46.83 
 
 		 382 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239299  normal  0.299437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1171  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.41 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.829373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0166  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.98 
 
 		 369 aa  279  4e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0184  FAD linked oxidase domain protein  45.98 
 
 		 369 aa  279  6e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0232347  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0960  FAD linked oxidase  47.31 
 
 		 368 aa  278  1e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0242  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.23 
 
 		 404 aa  277  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0222  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.15 
 
 		 362 aa  277  2e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.608394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3303  glycolate oxidase FAD binding subunit  42.78 
 
 		 358 aa  271  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.625485  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1500  glycolate oxidase FAD binding subunit  50.58 
 
 		 353 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.914379  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3312  FAD linked oxidase domain-containing protein  46.24 
 
 		 378 aa  263  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0480  glycolate oxidase FAD binding subunit  43.65 
 
 		 390 aa  255  8e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0223  FAD linked oxidase domain protein  48.7 
 
 		 368 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1893  FAD linked oxidase domain protein  42.18 
 
 		 370 aa  238  8e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1782  FAD linked oxidase domain-containing protein  41.51 
 
 		 381 aa  226  4e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3011  FAD linked oxidase domain-containing protein  39.34 
 
 		 410 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0181  glycolate oxidase, subunit GlcE  39.95 
 
 		 410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.392345  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0395  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.5 
 
 		 405 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal  0.395676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1765  FAD linked oxidase domain-containing protein  38.5 
 
 		 396 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.360352 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0691  FAD linked oxidase-like  38.69 
 
 		 381 aa  196  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0966984 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0209  FAD linked oxidase domain-containing protein  40.75 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.220436 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2501  FAD linked oxidase-like  39.43 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0451  FAD linked oxidase domain protein  36.98 
 
 		 399 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0677  FAD linked oxidase domain protein  36.96 
 
 		 395 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4787  FAD linked oxidase domain-containing protein  39.04 
 
 		 396 aa  189  9e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231636  normal  0.59925 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5254  FAD linked oxidase domain protein  38.77 
 
 		 396 aa  188  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.961899 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5788  glycolate oxidase subunit  36.83 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5330  FAD linked oxidase domain protein  39.14 
 
 		 396 aa  186  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2679  FAD linked oxidase domain-containing protein  40.58 
 
 		 358 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1019  putative glycolate oxidase subunit protein  40.29 
 
 		 358 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2895  hypothetical protein  39.55 
 
 		 378 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.510368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4398  FAD linked oxidase domain-containing protein  38.57 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833067  normal  0.212709 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1869  FAD linked oxidase domain-containing protein  37.11 
 
 		 403 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.212754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0495  FAD linked oxidase domain protein  35.77 
 
 		 399 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.220938 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2541  FAD linked oxidase domain protein  36.76 
 
 		 401 aa  176  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4651  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.92 
 
 		 395 aa  176  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.127314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>