More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7313 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7313  hypothetical protein  100 
 
 
172 aa  343  8e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.39 
 
 
150 aa  73.9  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.66 
 
 
146 aa  72.4  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.57 
 
 
162 aa  72  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.34 
 
 
166 aa  70.9  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4172  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.61 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.21 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.12 
 
 
146 aa  64.7  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.85 
 
 
175 aa  64.3  0.0000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.59 
 
 
163 aa  64.3  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.69 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.57 
 
 
145 aa  63.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.75 
 
 
159 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  29.85 
 
 
172 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1660  transcriptional regulator  34.94 
 
 
150 aa  63.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278304 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.11 
 
 
159 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.51 
 
 
163 aa  61.6  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  31.65 
 
 
153 aa  61.6  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.06 
 
 
152 aa  61.2  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.78 
 
 
153 aa  61.2  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  32.67 
 
 
153 aa  60.8  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0562  iron-responsive transcriptional regulator  31.16 
 
 
153 aa  60.5  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23721  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  27.97 
 
 
162 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0528  iron-responsive transcriptional regulator  31.16 
 
 
153 aa  60.5  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  27.97 
 
 
165 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.57 
 
 
145 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.57 
 
 
145 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.25 
 
 
167 aa  60.5  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.61 
 
 
151 aa  59.7  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.339527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  27.97 
 
 
162 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04790  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.1 
 
 
136 aa  59.7  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000203075  normal  0.747487 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  27.97 
 
 
162 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  27.97 
 
 
162 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  31.72 
 
 
144 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.1 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  27.27 
 
 
162 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.77 
 
 
142 aa  58.5  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 
162 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.54 
 
 
147 aa  58.2  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0536  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.85 
 
 
143 aa  58.2  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.315603  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  27.27 
 
 
164 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0640  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.49 
 
 
149 aa  57.8  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  30.07 
 
 
142 aa  57.4  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1572  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.71 
 
 
167 aa  57.4  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.336073  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.53 
 
 
154 aa  57.4  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3450  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.22 
 
 
146 aa  57  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.138812  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  31.51 
 
 
154 aa  56.6  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  29.63 
 
 
143 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.29 
 
 
171 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2272  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.25 
 
 
154 aa  55.8  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257031  normal  0.323507 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.42 
 
 
171 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.42 
 
 
171 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  27.41 
 
 
147 aa  55.8  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5035  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.55 
 
 
162 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262098 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  31.3 
 
 
150 aa  54.7  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  28.3 
 
 
153 aa  54.7  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.28 
 
 
156 aa  54.7  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  29.46 
 
 
141 aa  54.7  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00085  YhdE (NsrR)  25.95 
 
 
150 aa  54.7  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  32.98 
 
 
141 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 
141 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2506  Rrf2 family protein  29.23 
 
 
150 aa  53.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  53.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  32.98 
 
 
141 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0389  iron-responsive transcriptional regulator  28.89 
 
 
160 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00187363  normal  0.229909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  29.86 
 
 
157 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.14 
 
 
160 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  32.98 
 
 
141 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  32.98 
 
 
141 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.86 
 
 
157 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.98 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  32.98 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0421  iron-responsive transcriptional regulator  29.32 
 
 
160 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531604  hitchhiker  0.00267682 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  32.98 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.72 
 
 
146 aa  52.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.3 
 
 
150 aa  53.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  30.23 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  30.23 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.18 
 
 
153 aa  53.1  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  30.23 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  32.98 
 
 
141 aa  52.8  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  34.04 
 
 
162 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3719  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.78 
 
 
164 aa  52.4  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.445299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  29.46 
 
 
141 aa  52.4  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  34.04 
 
 
162 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1131  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.72 
 
 
144 aa  52.4  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.07 
 
 
159 aa  52  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.27 
 
 
156 aa  52  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  29.46 
 
 
141 aa  52  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01820  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  35.9 
 
 
150 aa  51.6  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272492 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  25.37 
 
 
151 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  25.37 
 
 
151 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.22 
 
 
171 aa  51.6  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  25.37 
 
 
151 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  25.37 
 
 
151 aa  51.6  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3494  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.54 
 
 
183 aa  51.6  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.915426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5208  transcriptional regulator protein-like protein  31.34 
 
 
154 aa  51.2  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0660583  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1883  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.84 
 
 
169 aa  51.2  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00237919  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1534  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.72 
 
 
144 aa  51.2  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353948  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  29.46 
 
 
141 aa  51.2  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>