More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4172 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4172  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 		 182 aa  356  9.999999999999999e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 142 aa  144  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  55.56 
 
 		 142 aa  142  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 153 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 154 aa  125  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.85 
 
 		 159 aa  121  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.23 
 
 		 159 aa  120  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 159 aa  118  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  44.78 
 
 		 172 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 165 aa  115  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 156 aa  114  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  49.26 
 
 		 144 aa  114  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 145 aa  114  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 145 aa  114  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 150 aa  114  7.999999999999999e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.48 
 
 		 146 aa  113  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.26 
 
 		 157 aa  112  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  49.26 
 
 		 157 aa  112  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.53 
 
 		 160 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 162 aa  111  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  42.54 
 
 		 141 aa  109  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  46.56 
 
 		 150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 152 aa  107  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 156 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.96 
 
 		 147 aa  105  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 146 aa  105  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1523  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 181 aa  105  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.8 
 
 		 163 aa  104  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  42.96 
 
 		 143 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 150 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 147 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40 
 
 		 141 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  40.71 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  40 
 
 		 141 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  39.55 
 
 		 141 aa  103  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  40.71 
 
 		 164 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40 
 
 		 141 aa  102  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  40.58 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  40.58 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  40.74 
 
 		 141 aa  101  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  36.76 
 
 		 153 aa  101  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 146 aa  101  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  36.64 
 
 		 147 aa  101  7e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2506  Rrf2 family protein  43.85 
 
 		 150 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  39.26 
 
 		 141 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  39.86 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  39.86 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1800  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 150 aa  99.4  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.22 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  39.26 
 
 		 162 aa  99.8  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  39.26 
 
 		 162 aa  99.8  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 147 aa  99.8  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.53 
 
 		 140 aa  99.8  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0437  transcriptional repressor NsrR  38.06 
 
 		 141 aa  97.8  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  37.78 
 
 		 141 aa  97.4  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.71 
 
 		 147 aa  97.4  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  43.51 
 
 		 154 aa  96.7  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2888  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 144 aa  95.9  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1534  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 144 aa  95.9  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353948  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  35.29 
 
 		 143 aa  95.5  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  37.31 
 
 		 141 aa  95.1  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0640  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 149 aa  94.7  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 171 aa  94.4  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 171 aa  94.4  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  41.98 
 
 		 153 aa  94.4  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1131  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 144 aa  94  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 171 aa  93.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2456  hypothetical protein  35.29 
 
 		 143 aa  94  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2689  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 145 aa  93.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 166 aa  93.2  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0838  iron-responsive transcriptional regulator  40.91 
 
 		 156 aa  93.2  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  36.57 
 
 		 141 aa  93.2  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 171 aa  92.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  35.82 
 
 		 141 aa  92.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4474  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 151 aa  92.4  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000199058  hitchhiker  0.00000000296889 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.44 
 
 		 166 aa  92.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0562  iron-responsive transcriptional regulator  39.69 
 
 		 153 aa  92  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23721  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 151 aa  92  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.339527  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  34.81 
 
 		 154 aa  92  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  40.46 
 
 		 153 aa  92  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3792  transcriptional repressor NsrR  34.81 
 
 		 154 aa  92  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0528  iron-responsive transcriptional regulator  39.69 
 
 		 153 aa  91.7  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  37.04 
 
 		 175 aa  91.3  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 149 aa  91.3  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 145 aa  91.3  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 172 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>