More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2272 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2272  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 		 154 aa  313  7e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257031  normal  0.323507 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1131  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.04 
 
 		 144 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2888  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.04 
 
 		 144 aa  169  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1534  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.04 
 
 		 144 aa  169  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353948  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1660  transcriptional regulator  52 
 
 		 150 aa  157  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278304 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.79 
 
 		 159 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.79 
 
 		 159 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 146 aa  117  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0421  iron-responsive transcriptional regulator  47.01 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531604  hitchhiker  0.00267682 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0389  iron-responsive transcriptional regulator  42.31 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00187363  normal  0.229909 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0528  iron-responsive transcriptional regulator  45.04 
 
 		 153 aa  115  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  44.27 
 
 		 153 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  43.26 
 
 		 153 aa  114  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0562  iron-responsive transcriptional regulator  44.27 
 
 		 153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23721  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  44.62 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  44.62 
 
 		 165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  44.62 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  44.62 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  44.62 
 
 		 164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  44.62 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  44.62 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.06 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  44.62 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  39.87 
 
 		 172 aa  111  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 156 aa  110  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  40.46 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  43.51 
 
 		 154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.48 
 
 		 163 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1883  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 169 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00237919  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0838  iron-responsive transcriptional regulator  44.03 
 
 		 156 aa  107  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  37.5 
 
 		 153 aa  107  5e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  39.44 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  39.44 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  39.44 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0943  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 153 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 146 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 150 aa  105  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3383  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 155 aa  104  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  38.73 
 
 		 162 aa  104  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 142 aa  104  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  38.73 
 
 		 162 aa  104  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0915  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 153 aa  104  5e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.127976  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0932  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 153 aa  104  5e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 157 aa  103  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.85 
 
 		 157 aa  103  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3220  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 150 aa  103  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3203  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.22 
 
 		 143 aa  103  7e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.67 
 
 		 160 aa  103  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.72 
 
 		 166 aa  103  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.73 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  38.73 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  38.73 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  38.73 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  38.73 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.73 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  41.61 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  38.73 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  38.73 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  37.32 
 
 		 141 aa  100  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0854  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 151 aa  100  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0962468 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.73 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002267  nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR  39.16 
 
 		 141 aa  100  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  38.3 
 
 		 150 aa  100  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 163 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  38.03 
 
 		 141 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 145 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 153 aa  99.4  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  36.62 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  36.62 
 
 		 154 aa  98.6  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3792  transcriptional repressor NsrR  36.62 
 
 		 154 aa  98.6  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3453  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 148 aa  98.2  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.879628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.71 
 
 		 146 aa  97.8  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  38.64 
 
 		 143 aa  97.1  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 152 aa  97.1  8e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 148 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00965194  normal  0.580811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 147 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0930  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.04 
 
 		 150 aa  96.7  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 147 aa  96.3  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.88 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2769  transcriptional repressor NsrR  36.36 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 145 aa  95.9  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 154 aa  95.9  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0640  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 145 aa  95.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 145 aa  95.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.75 
 
 		 140 aa  95.5  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4474  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 151 aa  94.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000199058  hitchhiker  0.00000000296889 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 151 aa  94.4  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.339527  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00085  YhdE (NsrR)  38.35 
 
 		 150 aa  94  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00086  transcriptional repressor NsrR  37.06 
 
 		 141 aa  94  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.48 
 
 		 166 aa  94  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3450  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.15 
 
 		 146 aa  93.6  8e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.138812  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3702  hypothetical protein  36 
 
 		 151 aa  93.6  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  36.62 
 
 		 141 aa  92.8  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 175 aa  93.2  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>