167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2764 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2764  transcription antitermination protein  100 
 
 		 220 aa  447  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3420  transcription antitermination protein  91.74 
 
 		 220 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1964  Transcription antiterminator protein  73.64 
 
 		 218 aa  339  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.940827  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  28.31 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  27.06 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  27.06 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  27.06 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1148  NusG antitermination factor  27.12 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000795097  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  23.81 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  25.9 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  26.51 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  25.88 
 
 		 176 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0832  transcription antitermination protein nusG  25.14 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  27.84 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1444  NusG antitermination factor  26.26 
 
 		 178 aa  53.5  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  25.3 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  27.84 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  26.9 
 
 		 176 aa  52.8  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  26.16 
 
 		 174 aa  52.8  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  25.3 
 
 		 176 aa  52.4  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  26.04 
 
 		 176 aa  52  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  24.12 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2562  transcription antitermination protein nusG  24.32 
 
 		 179 aa  52  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0500837 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  25.68 
 
 		 197 aa  51.6  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  25.3 
 
 		 176 aa  51.6  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  25.3 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  29.71 
 
 		 160 aa  50.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  25.3 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 191 aa  51.6  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  26.51 
 
 		 176 aa  51.6  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  25.44 
 
 		 176 aa  50.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  24.85 
 
 		 177 aa  50.1  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1967  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.688216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  25.76 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  25.88 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  25.75 
 
 		 177 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  25 
 
 		 177 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  24.4 
 
 		 175 aa  50.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  25 
 
 		 177 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  25 
 
 		 177 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  24.1 
 
 		 174 aa  49.7  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  24.06 
 
 		 169 aa  49.3  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  25 
 
 		 154 aa  49.3  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  24.85 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  23.64 
 
 		 177 aa  49.3  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  25.3 
 
 		 194 aa  49.3  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  24.85 
 
 		 196 aa  48.9  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  23.64 
 
 		 177 aa  48.9  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  24.7 
 
 		 177 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0566  transcription antitermination protein NusG  23.53 
 
 		 176 aa  48.5  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268519  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  25.75 
 
 		 177 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0259  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 177 aa  48.5  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0742  NusG antitermination factor  27.38 
 
 		 179 aa  48.1  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0172264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  25.88 
 
 		 176 aa  48.1  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  25.29 
 
 		 188 aa  48.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  24.12 
 
 		 176 aa  48.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0467  NusG antitermination factor  26.83 
 
 		 353 aa  48.1  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000572665  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  23.56 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0482  NusG antitermination factor  26.83 
 
 		 353 aa  48.1  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000917013  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2551  transcription antitermination protein NusG  25.28 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000171979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1532  NusG antitermination factor  23.08 
 
 		 174 aa  47.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000537782  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  26.6 
 
 		 181 aa  47.4  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  26.14 
 
 		 182 aa  47.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0744  transcription antitermination protein NusG  27.47 
 
 		 186 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000594191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  24.57 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0228  transcription antitermination protein nusG  25.3 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00207828  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 192 aa  47.4  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  27.91 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0641  NusG antitermination factor  29.66 
 
 		 356 aa  47.4  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000301277  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 185 aa  47  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  23.56 
 
 		 196 aa  46.6  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  27.06 
 
 		 178 aa  46.6  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  24.85 
 
 		 204 aa  47  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0523  transcription antitermination protein NusG  24.5 
 
 		 177 aa  46.2  0.0004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0829173  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 185 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  23.64 
 
 		 175 aa  46.2  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 185 aa  46.2  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  22.62 
 
 		 191 aa  46.2  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0294  transcription antitermination protein nusG  29.57 
 
 		 228 aa  45.8  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.620815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2259  NusG antitermination factor  24.85 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0503  transcription antitermination protein NusG  24.5 
 
 		 177 aa  46.2  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000847234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 185 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 185 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  23.24 
 
 		 174 aa  45.4  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  22.99 
 
 		 194 aa  45.4  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  25.14 
 
 		 185 aa  45.4  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  25.14 
 
 		 185 aa  45.4  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  28.14 
 
 		 177 aa  45.4  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0311  NusG antitermination factor  26.98 
 
 		 177 aa  45.4  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  24.26 
 
 		 177 aa  45.4  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0191  NusG antitermination factor  24.7 
 
 		 191 aa  45.4  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382089  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2312  NusG antitermination factor  28.89 
 
 		 217 aa  45.4  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219075  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  27.75 
 
 		 181 aa  45.1  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>