199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1964 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1964  Transcription antiterminator protein  100 
 
 		 218 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.940827  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2764  transcription antitermination protein  73.64 
 
 		 220 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3420  transcription antitermination protein  73.39 
 
 		 220 aa  318  5e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  30.11 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  28.9 
 
 		 176 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  30.77 
 
 		 176 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  26.44 
 
 		 176 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  26.44 
 
 		 176 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1148  NusG antitermination factor  27.08 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000795097  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  25.57 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1444  NusG antitermination factor  24.73 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  30.12 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  29.52 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  30.12 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  29.52 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  26.63 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  25.95 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  28.4 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  25.29 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0832  transcription antitermination protein nusG  24.58 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  26.14 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  27.81 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  27.12 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  26.63 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  28.65 
 
 		 176 aa  54.7  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  26.29 
 
 		 177 aa  54.7  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  28 
 
 		 177 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  26.63 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  26.11 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  26.67 
 
 		 178 aa  53.9  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  26.55 
 
 		 175 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  27.12 
 
 		 176 aa  53.9  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  26.19 
 
 		 185 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  25.71 
 
 		 177 aa  52.8  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  26.4 
 
 		 177 aa  52.8  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  26.79 
 
 		 176 aa  52.4  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  27.03 
 
 		 181 aa  52.4  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  27.53 
 
 		 177 aa  52  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2562  transcription antitermination protein nusG  23.78 
 
 		 179 aa  52  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0500837 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  26.29 
 
 		 177 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 177 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 177 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  26.04 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  24.31 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  26.95 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  26.13 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  24.7 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4482  NusG antitermination factor  27.06 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000412602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  25.75 
 
 		 174 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  27.53 
 
 		 177 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  25.3 
 
 		 194 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3645  NusG antitermination factor  25.44 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.56368 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4447  transcription antitermination protein nusG  24.85 
 
 		 199 aa  50.1  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0158403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  26.04 
 
 		 177 aa  50.1  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0559  transcription antitermination protein  25.82 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00288108  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0573  transcription antitermination protein  25.82 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000169093  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1942  transcription antitermination protein NusG  25.75 
 
 		 175 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321032  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1249  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 175 aa  49.3  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0566  transcription antitermination protein NusG  25.58 
 
 		 176 aa  49.7  0.00004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268519  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1210  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 175 aa  49.3  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 185 aa  49.3  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 185 aa  49.3  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 185 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 185 aa  49.3  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 185 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 185 aa  49.3  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 185 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1631  NusG antitermination factor  22.46 
 
 		 190 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0177  transcription termination/antitermination factor NusG  25.95 
 
 		 182 aa  48.9  0.00006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0856403  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  26.79 
 
 		 201 aa  48.9  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  26.79 
 
 		 175 aa  48.5  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  24.26 
 
 		 196 aa  48.5  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  28.33 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  28.33 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0583  NusG antitermination factor  27.06 
 
 		 203 aa  48.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  26.35 
 
 		 177 aa  48.5  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  25.7 
 
 		 177 aa  48.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  28.33 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  28.33 
 
 		 185 aa  48.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0523  transcription antitermination protein NusG  24.34 
 
 		 177 aa  48.1  0.0001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0829173  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  28.65 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  25 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  22.67 
 
 		 175 aa  48.1  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  23.3 
 
 		 175 aa  48.1  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  23.81 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  23.49 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  28.65 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000738018  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2259  NusG antitermination factor  24.26 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0503  transcription antitermination protein NusG  24.34 
 
 		 177 aa  48.1  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000847234  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  25.9 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  28.65 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000847824  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  25.9 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  28.65 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.56 
 
 		 173 aa  47.8  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  25.66 
 
 		 154 aa  48.1  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0482  NusG antitermination factor  26.02 
 
 		 353 aa  47  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000917013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  25.71 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  24.85 
 
 		 176 aa  47.4  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0467  NusG antitermination factor  26.02 
 
 		 353 aa  47  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000572665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>