211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3420 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3420  transcription antitermination protein  100 
 
 		 220 aa  450  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2764  transcription antitermination protein  91.74 
 
 		 220 aa  381  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1964  Transcription antiterminator protein  73.06 
 
 		 218 aa  333  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.940827  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  27.37 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  24.59 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  26.78 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  26.78 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1148  NusG antitermination factor  24.75 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000795097  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  24.02 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  25.14 
 
 		 185 aa  57.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 176 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  26.63 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  26.26 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  26.02 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  26.26 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2562  transcription antitermination protein nusG  25 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0500837 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0832  transcription antitermination protein nusG  24.32 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  25.7 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  25.14 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1444  NusG antitermination factor  24.31 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  27.42 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0482  NusG antitermination factor  28.69 
 
 		 353 aa  54.7  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000917013  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  27.42 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  26.32 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0467  NusG antitermination factor  28.69 
 
 		 353 aa  54.3  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000572665  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  26.78 
 
 		 176 aa  52.4  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  24.73 
 
 		 176 aa  52.8  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  23.03 
 
 		 176 aa  52  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  26.23 
 
 		 177 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0742  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 179 aa  51.2  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0172264 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  25.14 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  24.72 
 
 		 175 aa  51.2  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0177  transcription termination/antitermination factor NusG  26.49 
 
 		 182 aa  50.8  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0856403  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  27.51 
 
 		 243 aa  50.4  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  24.31 
 
 		 177 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  24.31 
 
 		 177 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  24.18 
 
 		 196 aa  50.8  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  26.19 
 
 		 174 aa  50.1  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  25.84 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  24.02 
 
 		 185 aa  50.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  24.18 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  24.4 
 
 		 191 aa  50.8  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  26.34 
 
 		 182 aa  50.8  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0559  transcription antitermination protein  26.49 
 
 		 182 aa  50.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00288108  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0573  transcription antitermination protein  26.49 
 
 		 182 aa  50.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000169093  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  31.16 
 
 		 160 aa  50.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  24.31 
 
 		 177 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1967  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 192 aa  50.1  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.688216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  25.44 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  26.34 
 
 		 182 aa  50.1  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  23.89 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  27.03 
 
 		 177 aa  49.3  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  25.14 
 
 		 194 aa  49.7  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  26.06 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0259  NusG antitermination factor  24.24 
 
 		 177 aa  49.3  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  27.42 
 
 		 181 aa  48.9  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  25 
 
 		 177 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  26.19 
 
 		 175 aa  49.3  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  23.46 
 
 		 177 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  23.89 
 
 		 192 aa  48.9  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  25.64 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0294  transcription antitermination protein nusG  27.56 
 
 		 228 aa  48.5  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.620815 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  27.66 
 
 		 181 aa  48.5  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2551  transcription antitermination protein NusG  24.87 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000171979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1807  transcription antitermination protein nusG  24.44 
 
 		 177 aa  48.5  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.379623  normal  0.264433 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0523  transcription antitermination protein NusG  24.39 
 
 		 177 aa  48.1  0.00009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0829173  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  25.13 
 
 		 185 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  25.13 
 
 		 185 aa  48.5  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0566  transcription antitermination protein NusG  21.74 
 
 		 176 aa  48.5  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268519  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0503  transcription antitermination protein NusG  24.39 
 
 		 177 aa  48.1  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000847234  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1021  transcription antitermination protein NusG  25.14 
 
 		 213 aa  48.5  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0111232 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2786  NusG antitermination factor  22.47 
 
 		 180 aa  47.8  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000144907  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  25.81 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  25.97 
 
 		 178 aa  47.8  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  23.16 
 
 		 175 aa  48.1  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3597  NusG antitermination factor  24.39 
 
 		 202 aa  48.1  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259347  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  24.44 
 
 		 176 aa  47.8  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0227  transcription antitermination protein nusG  26.06 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1765  transcription antitermination protein NusG  25.93 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000435083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1741  transcription antitermination protein NusG  25.93 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  25.81 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  25.81 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000738018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  25.81 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000847824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  25.81 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  24.14 
 
 		 194 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0641  NusG antitermination factor  29.03 
 
 		 356 aa  48.1  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000301277  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0560  transcription antitermination protein nusG  26.67 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>