More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1528 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1528  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 
468 aa  937    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.819487  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2363  glutamyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 
475 aa  413  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.511106  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8025  glutamyl-tRNA synthetase  49.45 
 
 
455 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3615  glutamyl-tRNA synthetase  50 
 
 
469 aa  411  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.741076  hitchhiker  0.0000496688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3375  glutamyl-tRNA synthetase  49.03 
 
 
465 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0623  glutamyl-tRNA synthetase  49.26 
 
 
477 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.122003  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3219  glutamyl-tRNA synthetase  49.03 
 
 
470 aa  405  1e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00410976  normal  0.921134 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8974  glutamyl-tRNA synthetase  48.37 
 
 
471 aa  389  1e-107  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135542  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2647  glutamyl-tRNA synthetase  47.76 
 
 
463 aa  385  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.018952  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0181  glutamyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 
481 aa  381  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2805  glutamyl-tRNA synthetase  47.48 
 
 
455 aa  375  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.390726  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1684  glutamyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 
500 aa  375  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0521087  normal  0.449147 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0526  glutamyl-tRNA synthetase  44.77 
 
 
494 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2102  glutamyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
479 aa  355  8.999999999999999e-97  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00226932  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1176  glutamyl-tRNA synthetase  42.77 
 
 
487 aa  355  1e-96  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1409  glutamyl-tRNA synthetase  41.81 
 
 
463 aa  352  5.9999999999999994e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0075  glutamyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 
464 aa  352  8.999999999999999e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1366  glutamyl-tRNA synthetase  42.06 
 
 
468 aa  350  4e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000255518  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1365  glutamyl-tRNA synthetase  42.19 
 
 
484 aa  349  5e-95  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0996  glutamyl-tRNA synthetase  40.84 
 
 
464 aa  340  2e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.990972 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1273  glutamyl-tRNA synthetase  39.36 
 
 
477 aa  338  9.999999999999999e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.692147  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1146  glutamyl-tRNA synthetase  42.34 
 
 
484 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1132  glutamyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 
490 aa  336  5e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  39.49 
 
 
469 aa  334  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000159151  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11010  glutamyl-tRNA synthetase  43.38 
 
 
509 aa  334  3e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0584  glutamyl-tRNA synthetase  39.96 
 
 
466 aa  332  6e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0242919  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0184  glutamyl-tRNA synthetase  41.54 
 
 
480 aa  332  1e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.527143 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1302  glutamyl-tRNA synthetase  42.15 
 
 
471 aa  331  2e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0191  glutamyl-tRNA synthetase  38.45 
 
 
482 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4059  glutamyl-tRNA synthetase  43.28 
 
 
501 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.93103  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1736  glutamyl-tRNA synthetase  40.72 
 
 
465 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.872954  normal  0.596825 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1475  glutamyl-tRNA synthetase  42.68 
 
 
512 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.472401 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2648  glutamyl-tRNA synthetase  41.21 
 
 
464 aa  327  3e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0422  glutamyl-tRNA synthetase  41.48 
 
 
466 aa  324  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.869081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0584  glutamyl-tRNA synthetase  41.48 
 
 
466 aa  324  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.779579  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  40.46 
 
 
466 aa  323  4e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0088  glutamyl-tRNA synthetase  39.04 
 
 
486 aa  323  4e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000507745  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3484  glutamyl-tRNA synthetase  38.7 
 
 
469 aa  323  4e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2533  glutamyl-tRNA synthetase  39.04 
 
 
467 aa  322  7e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000148885  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1579  glutamyl-tRNA synthetase  41.09 
 
 
470 aa  322  8e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.496089  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1626  glutamyl-tRNA synthetase  39.3 
 
 
470 aa  322  8e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0744892  normal  0.201462 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1437  glutamyl-tRNA synthetase  39.17 
 
 
471 aa  322  9.000000000000001e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000838412  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1325  glutamyl-tRNA synthetase  39.17 
 
 
471 aa  322  9.000000000000001e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.99689e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0456  glutamyl-tRNA synthetase  36.11 
 
 
466 aa  322  9.000000000000001e-87  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1866  glutamyl-tRNA synthetase  41.08 
 
 
495 aa  321  9.999999999999999e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0953769  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1875  glutamyl-tRNA synthetase  38.95 
 
 
470 aa  321  1.9999999999999998e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1531  glutamyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 
501 aa  320  1.9999999999999998e-86  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.177187  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1886  glutamyl-tRNA synthetase  38.95 
 
 
470 aa  320  3e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0941  glutamyl-tRNA synthetase  37.08 
 
 
480 aa  320  3e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09010  glutamyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
493 aa  320  3e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.683612  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02306  glutamyl-tRNA synthetase  40.39 
 
 
471 aa  319  6e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000163468  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1259  glutamyl-tRNA synthetase  40.39 
 
 
471 aa  319  6e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000107097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1234  glutamyl-tRNA synthetase  40.92 
 
 
468 aa  319  6e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.966582  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2739  glutamyl-tRNA synthetase  38.95 
 
 
471 aa  319  6e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000464093  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02267  hypothetical protein  40.39 
 
 
471 aa  319  6e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000211719  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2300  glutamyl-tRNA synthetase  39.53 
 
 
467 aa  319  6e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2537  glutamyl-tRNA synthetase  40.39 
 
 
471 aa  319  6e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.81823e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2689  glutamyl-tRNA synthetase  40.39 
 
 
471 aa  319  6e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000585345  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2552  glutamyl-tRNA synthetase  40.39 
 
 
471 aa  319  7e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112104  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0263  glutamyl-tRNA synthetase  38.83 
 
 
485 aa  319  9e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000430888  normal  0.0100734 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3632  glutamyl-tRNA synthetase  40.39 
 
 
471 aa  318  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000908657  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2779  glutamyl-tRNA synthetase  40.39 
 
 
471 aa  318  1e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000172763  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1272  glutamyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 
471 aa  318  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000352174  hitchhiker  0.00569831 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0084  glutamyl-tRNA synthetase  39.26 
 
 
491 aa  318  1e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1970  glutamyl-tRNA synthetase  40.57 
 
 
492 aa  318  2e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0456  glutamyl-tRNA synthetase  38.18 
 
 
480 aa  317  2e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18620  glutamyl-tRNA synthetase  40.49 
 
 
509 aa  317  4e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.255586  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0192  glutamyl-tRNA synthetase  39.83 
 
 
463 aa  316  5e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3336  glutamyl-tRNA synthetase  40.21 
 
 
491 aa  316  5e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00658512  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0168  glutamate--tRNA(Gln) ligase, glutamyl-tRNA synthetase  37.82 
 
 
488 aa  316  7e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.360879  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3417  glutamyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 
469 aa  315  9e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634908  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1191  glutamyl-tRNA synthetase  38.78 
 
 
471 aa  315  9e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2714  glutamyl-tRNA synthetase  39.66 
 
 
469 aa  315  9e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1356  glutamyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
501 aa  315  9.999999999999999e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556495  normal  0.576333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1430  glutamyl-tRNA synthetase  39.03 
 
 
469 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000061517  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1418  glutamyl-tRNA synthetase  39.03 
 
 
469 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000145575  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00950  glutamyl-tRNA synthetase  37.76 
 
 
490 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000392193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3084  glutamyl-tRNA synthetase  38.78 
 
 
471 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00745356  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1365  glutamyl-tRNA synthetase  39.03 
 
 
469 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000124879  normal  0.0325353 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1202  glutamyl-tRNA synthetase  41.42 
 
 
503 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.461842  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0077  glutamyl-tRNA synthetase  38.9 
 
 
492 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1338  glutamyl-tRNA synthetase  41.14 
 
 
494 aa  314  2.9999999999999996e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2779  glutamyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 
471 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00021769  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1892  glutamyl-tRNA synthetase  39.71 
 
 
473 aa  313  3.9999999999999997e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2133  glutamyl-tRNA synthetase  43.01 
 
 
495 aa  313  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3216  glutamyl-tRNA synthetase  38.35 
 
 
470 aa  313  4.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1055  glutamyl-tRNA synthetase  38.38 
 
 
471 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.291926  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0298  glutamyl-tRNA synthetase  39.29 
 
 
469 aa  313  4.999999999999999e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0696  glutamyl-tRNA synthetase  40.82 
 
 
463 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69774  normal  0.269454 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1688  glutamyl-tRNA synthetase  40.52 
 
 
505 aa  313  5.999999999999999e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685546 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0814  glutamyl-tRNA synthetase  40.35 
 
 
468 aa  313  5.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.407873  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1274  glutamyl-tRNA synthetase  39.75 
 
 
472 aa  313  5.999999999999999e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2851  glutamyl-tRNA synthetase  41.96 
 
 
504 aa  312  6.999999999999999e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.403667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2499  glutamyl-tRNA synthetase  39.62 
 
 
469 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2673  glutamyl-tRNA synthetase  39.48 
 
 
471 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0521229  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6009  glutamyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 
496 aa  312  7.999999999999999e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2607  glutamyl-tRNA synthetase  39.48 
 
 
471 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00191122  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2649  glutamyl-tRNA synthetase  39.48 
 
 
471 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000633167  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2558  glutamyl-tRNA synthetase  39.48 
 
 
471 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000165684  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2798  glutamyl-tRNA synthetase  38.73 
 
 
472 aa  311  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0783891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>