More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3084 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02306  glutamyl-tRNA synthetase  86.84 
 
 
471 aa  860    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000163468  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1259  glutamyl-tRNA synthetase  86.84 
 
 
471 aa  860    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000107097  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2906  glutamyl-tRNA synthetase  71.52 
 
 
469 aa  711    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000836575  normal  0.409064 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1456  glutamyl-tRNA synthetase  71.73 
 
 
469 aa  712    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000100274  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2822  glutamyl-tRNA synthetase  72.38 
 
 
469 aa  708    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000059188  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1806  glutamyl-tRNA synthetase  68.43 
 
 
509 aa  684    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2499  glutamyl-tRNA synthetase  72.59 
 
 
469 aa  712    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1728  glutamyl-tRNA synthetase  71.73 
 
 
469 aa  711    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000433955  normal  0.283148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2802  glutamyl-tRNA synthetase  72.59 
 
 
469 aa  709    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000260001  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2552  glutamyl-tRNA synthetase  86.84 
 
 
471 aa  862    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112104  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2931  glutamyl-tRNA synthetase  85.35 
 
 
471 aa  848    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000400457  normal  0.117314 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1191  glutamyl-tRNA synthetase  97.88 
 
 
471 aa  967    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2607  glutamyl-tRNA synthetase  86.2 
 
 
471 aa  855    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00191122  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1272  glutamyl-tRNA synthetase  86.62 
 
 
471 aa  859    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000352174  hitchhiker  0.00569831 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2689  glutamyl-tRNA synthetase  86.84 
 
 
471 aa  860    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000585345  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01271  glutamyl-tRNA synthetase  66.38 
 
 
475 aa  669    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2649  glutamyl-tRNA synthetase  86.2 
 
 
471 aa  855    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000633167  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2350  glutamyl-tRNA synthetase  65.75 
 
 
474 aa  663    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2739  glutamyl-tRNA synthetase  87.47 
 
 
471 aa  871    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000464093  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2779  glutamyl-tRNA synthetase  87.05 
 
 
471 aa  862    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000172763  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1554  glutamyl-tRNA synthetase  72.38 
 
 
469 aa  708    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000003282  normal  0.0351282 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3084  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 
471 aa  986    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00745356  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1437  glutamyl-tRNA synthetase  87.9 
 
 
471 aa  875    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000838412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2798  glutamyl-tRNA synthetase  90.85 
 
 
472 aa  896    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0783891  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004184  glutamyl-tRNA synthetase  66.03 
 
 
475 aa  669    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926878  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2533  glutamyl-tRNA synthetase  70.91 
 
 
473 aa  698    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000038789  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3417  glutamyl-tRNA synthetase  86.99 
 
 
469 aa  867    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634908  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1449  glutamyl-tRNA synthetase  71.31 
 
 
469 aa  707    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000565413  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0456  glutamyl-tRNA synthetase  64.87 
 
 
466 aa  655    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2779  glutamyl-tRNA synthetase  85.77 
 
 
471 aa  853    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00021769  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02267  hypothetical protein  86.84 
 
 
471 aa  860    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000211719  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  66.88 
 
 
469 aa  668    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000159151  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0456  glutamyl-tRNA synthetase  68.47 
 
 
480 aa  689    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1365  glutamyl-tRNA synthetase  73.02 
 
 
469 aa  717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000124879  normal  0.0325353 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1430  glutamyl-tRNA synthetase  73.02 
 
 
469 aa  717    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000061517  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2714  glutamyl-tRNA synthetase  70.88 
 
 
469 aa  703    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2558  glutamyl-tRNA synthetase  86.2 
 
 
471 aa  855    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000165684  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1418  glutamyl-tRNA synthetase  73.02 
 
 
469 aa  717    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000145575  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1325  glutamyl-tRNA synthetase  87.9 
 
 
471 aa  875    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.99689e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2947  glutamyl-tRNA synthetase  72.38 
 
 
469 aa  708    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000528448  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2537  glutamyl-tRNA synthetase  86.84 
 
 
471 aa  860    Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.81823e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2207  glutamyl-tRNA synthetase  74.52 
 
 
469 aa  740    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000288711  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1626  glutamyl-tRNA synthetase  68.87 
 
 
470 aa  695    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0744892  normal  0.201462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2673  glutamyl-tRNA synthetase  86.2 
 
 
471 aa  855    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0521229  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3632  glutamyl-tRNA synthetase  86.84 
 
 
471 aa  861    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000908657  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1055  glutamyl-tRNA synthetase  92.36 
 
 
471 aa  914    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.291926  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3216  glutamyl-tRNA synthetase  61.62 
 
 
470 aa  630  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1216  glutamyl-tRNA synthetase  59.53 
 
 
470 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000500466  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1579  glutamyl-tRNA synthetase  59.53 
 
 
470 aa  590  1e-167  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.496089  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1875  glutamyl-tRNA synthetase  58.21 
 
 
470 aa  585  1e-166  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1886  glutamyl-tRNA synthetase  58 
 
 
470 aa  583  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1892  glutamyl-tRNA synthetase  57.79 
 
 
473 aa  582  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0298  glutamyl-tRNA synthetase  57.79 
 
 
469 aa  583  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1234  glutamyl-tRNA synthetase  58.55 
 
 
468 aa  578  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.966582  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0814  glutamyl-tRNA synthetase  57.63 
 
 
468 aa  570  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.407873  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1302  glutamyl-tRNA synthetase  55.77 
 
 
471 aa  553  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0264  glutamyl-tRNA synthetase  55.46 
 
 
469 aa  544  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.530461  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1590  glutamyl-tRNA synthetase  54.41 
 
 
467 aa  527  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000281277 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0422  glutamyl-tRNA synthetase  55.13 
 
 
466 aa  525  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.869081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0584  glutamyl-tRNA synthetase  55.13 
 
 
466 aa  525  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.779579  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1736  glutamyl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
465 aa  518  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.872954  normal  0.596825 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1274  glutamyl-tRNA synthetase  52.89 
 
 
472 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  53.45 
 
 
466 aa  514  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2028  glutamyl-tRNA synthetase  53.12 
 
 
467 aa  508  1e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1650  glutamyl-tRNA synthetase  52.71 
 
 
466 aa  505  9.999999999999999e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.93151e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1604  glutamyl-tRNA synthetase  53.45 
 
 
465 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161822  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1952  glutamyl-tRNA synthetase  54 
 
 
472 aa  505  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.247366  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2300  glutamyl-tRNA synthetase  52.05 
 
 
467 aa  501  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1950  glutamyl-tRNA synthetase  53.55 
 
 
467 aa  501  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1734  glutamyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 
472 aa  498  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.70962  normal  0.372059 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1209  glutamyl-tRNA synthetase  52.26 
 
 
467 aa  500  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0142351 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04820  glutamyl-tRNA synthetase  53.02 
 
 
467 aa  498  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1321  glutamyl-tRNA synthetase  53.59 
 
 
464 aa  496  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000246268  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0683  glutamyl-tRNA synthetase  52.58 
 
 
467 aa  495  1e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3484  glutamyl-tRNA synthetase  51.82 
 
 
469 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0584  glutamyl-tRNA synthetase  51.3 
 
 
466 aa  488  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0242919  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
467 aa  488  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  49.78 
 
 
467 aa  488  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1366  glutamyl-tRNA synthetase  51.18 
 
 
468 aa  484  1e-135  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000255518  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5365  glutamyl-tRNA synthetase  50.11 
 
 
512 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000051324  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1114  glutamyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 
465 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00321012  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2123  glutamyl-tRNA synthetase  48.7 
 
 
468 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1022  glutamyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 
465 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000173341  normal  0.120232 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2088  glutamyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
469 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000151116  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0950  glutamyl-tRNA synthetase  48.28 
 
 
468 aa  460  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1600  glutamyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 
469 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000105625  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3210  glutamyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 
469 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000343347  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2628  glutamyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 
504 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000191371  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2103  glutamyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 
469 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014771  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1958  glutamyl-tRNA synthetase  49.04 
 
 
469 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846631  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2075  glutamyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
469 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467012  normal  0.81702 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2140  glutamyl-tRNA synthetase  49.03 
 
 
465 aa  460  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000804672  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1376  glutamyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 
469 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00012912  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2541  glutamyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 
504 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2056  glutamyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
469 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000244557  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1179  glutamyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 
500 aa  458  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000996044  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2648  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
464 aa  456  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2487  glutamyl-tRNA synthetase  49.25 
 
 
504 aa  458  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000251622  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1984  glutamyl-tRNA synthetase  48.39 
 
 
469 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000434285  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0944  glutamyl-tRNA synthetase  47.11 
 
 
472 aa  453  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163057  hitchhiker  0.00772012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>