More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3317 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
300 aa  611  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  56.12 
 
 
295 aa  322  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
304 aa  288  8e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.62 
 
 
306 aa  208  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.6 
 
 
314 aa  201  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 
305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 
306 aa  179  7e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 
307 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
307 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 
302 aa  175  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
299 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
299 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
299 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
301 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
343 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  38.33 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
317 aa  172  9e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
308 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
300 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
308 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
341 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
305 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
302 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 
303 aa  169  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 
303 aa  169  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 
295 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 
303 aa  169  6e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
308 aa  169  7e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 
303 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 
303 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
314 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
310 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 
306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
294 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 
306 aa  165  8e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  37.25 
 
 
296 aa  165  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
294 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
305 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
292 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
305 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36 
 
 
302 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.62 
 
 
293 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.62 
 
 
293 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
326 aa  162  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.62 
 
 
293 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
311 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
312 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
302 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
306 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
318 aa  162  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
294 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
305 aa  162  9e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
305 aa  162  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
305 aa  162  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 
290 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>