More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5949 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
275 aa  538  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.62 
 
 
273 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.43 
 
 
273 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69 
 
 
272 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.42 
 
 
272 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.87 
 
 
301 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
299 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
309 aa  209  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
300 aa  209  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
279 aa  207  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 
312 aa  206  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
313 aa  206  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26300  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.05 
 
 
293 aa  206  5e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.131884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 
279 aa  205  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
304 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
296 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.79 
 
 
296 aa  204  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
298 aa  203  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.7 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0684403  hitchhiker  0.00159675 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
278 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.85 
 
 
321 aa  199  5e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.42 
 
 
300 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
271 aa  198  7.999999999999999e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58374  normal  0.490957 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.12 
 
 
290 aa  198  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.13 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.04 
 
 
300 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
300 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.09 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
279 aa  195  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  39.34 
 
 
288 aa  194  9e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
309 aa  195  9e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
284 aa  194  9e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
280 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
296 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
309 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
280 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  40.87 
 
 
296 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  37.88 
 
 
279 aa  194  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.5 
 
 
479 aa  194  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.08 
 
 
296 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.16 
 
 
293 aa  193  2e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
287 aa  193  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
296 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
300 aa  192  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.88 
 
 
299 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.88 
 
 
299 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  35.88 
 
 
299 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  35.88 
 
 
299 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.88 
 
 
299 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
285 aa  192  4e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
289 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
277 aa  192  4e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
291 aa  192  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
291 aa  192  5e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.532821  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  40.55 
 
 
300 aa  192  7e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0952  peptide ABC transporter, permease protein  39.46 
 
 
286 aa  191  8e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
286 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 
280 aa  191  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
289 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.9 
 
 
292 aa  191  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  44.31 
 
 
303 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
279 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  41.92 
 
 
308 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
485 aa  191  1e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
300 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
280 aa  190  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 
304 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1010  peptide ABC transporter, permease protein  39.62 
 
 
286 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.01 
 
 
325 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.59 
 
 
303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.16 
 
 
288 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5643  ABC transporter  40.87 
 
 
288 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00533049  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
304 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
301 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.656131 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3890  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  41.15 
 
 
301 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 
497 aa  189  5.999999999999999e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.8 
 
 
473 aa  188  8e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
494 aa  188  8e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
285 aa  188  8e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
302 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
286 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
303 aa  187  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
311 aa  188  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
284 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
303 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.71 
 
 
303 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  40.71 
 
 
303 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0433  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
262 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.71 
 
 
303 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
291 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
302 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>