More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3435 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
271 aa  528  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58374  normal  0.490957 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.29 
 
 
274 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.566812  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.32 
 
 
270 aa  360  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.727707  normal  0.819337 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.06 
 
 
287 aa  334  7.999999999999999e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.471854  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0952  peptide ABC transporter, permease protein  59.63 
 
 
286 aa  330  2e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.26 
 
 
286 aa  328  4e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1010  peptide ABC transporter, permease protein  59.26 
 
 
286 aa  326  3e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26300  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  55.3 
 
 
293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.131884 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.92 
 
 
297 aa  264  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6475  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  57.62 
 
 
294 aa  259  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0575522  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.91 
 
 
286 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.43 
 
 
295 aa  251  7e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5643  ABC transporter  50.79 
 
 
288 aa  248  6e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00533049  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.44 
 
 
307 aa  244  9e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 
287 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.74 
 
 
291 aa  237  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.74 
 
 
291 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.688141  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.5 
 
 
291 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
290 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
287 aa  224  1e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.45 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  43.45 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  43.45 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.45 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  43.45 
 
 
299 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.02 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 
294 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
299 aa  215  7e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  43.19 
 
 
282 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.39 
 
 
279 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  42.8 
 
 
867 aa  214  9.999999999999999e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  44.32 
 
 
301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.61 
 
 
313 aa  211  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
303 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.58 
 
 
300 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
272 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
298 aa  209  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
277 aa  208  7e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
359 aa  208  8e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
304 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45 
 
 
321 aa  207  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
296 aa  207  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
301 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
296 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
303 aa  204  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  45.06 
 
 
303 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  45.06 
 
 
303 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  45.06 
 
 
303 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
307 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  45.31 
 
 
303 aa  203  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  45.06 
 
 
303 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
309 aa  203  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  45.06 
 
 
303 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  45.31 
 
 
303 aa  203  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  45.31 
 
 
303 aa  203  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
301 aa  202  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  45.31 
 
 
303 aa  203  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  44.92 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.9 
 
 
300 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
300 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  44.92 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
294 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
284 aa  202  5e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  45.31 
 
 
303 aa  201  7e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
296 aa  202  7e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.53 
 
 
317 aa  201  8e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  49.11 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.15 
 
 
297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.7 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.51 
 
 
285 aa  199  6e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
272 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
272 aa  198  9e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.105201  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
291 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.8 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.41 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  45.2 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.8 
 
 
297 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
301 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
300 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
297 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0433  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
262 aa  196  3e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.77 
 
 
301 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
299 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
359 aa  195  6e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  43.1 
 
 
302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  43.1 
 
 
300 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>