More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5643 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5643  ABC transporter  100 
 
 
288 aa  554  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00533049  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.61 
 
 
286 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75 
 
 
287 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.98 
 
 
286 aa  296  4e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0952  peptide ABC transporter, permease protein  52.63 
 
 
286 aa  295  8e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1010  peptide ABC transporter, permease protein  52.65 
 
 
286 aa  291  9e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
271 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58374  normal  0.490957 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.97 
 
 
287 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.471854  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.43 
 
 
274 aa  245  4.9999999999999997e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.566812  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.26 
 
 
297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26300  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  47.55 
 
 
293 aa  230  2e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.131884 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.83 
 
 
270 aa  229  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.727707  normal  0.819337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6475  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  51.56 
 
 
294 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0575522  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.38 
 
 
295 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.78 
 
 
290 aa  211  1e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.17 
 
 
291 aa  209  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.45 
 
 
299 aa  209  6e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.45 
 
 
299 aa  209  6e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.45 
 
 
299 aa  209  6e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.45 
 
 
299 aa  209  6e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.45 
 
 
299 aa  209  6e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  41.73 
 
 
867 aa  206  5e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
272 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.874851  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
287 aa  202  6e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.09 
 
 
291 aa  200  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.09 
 
 
291 aa  200  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.688141  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45.45 
 
 
282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
298 aa  195  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
297 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
359 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
272 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50093  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0433  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
262 aa  192  5e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.79 
 
 
303 aa  192  5e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
272 aa  192  7e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.105201  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.65 
 
 
297 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
290 aa  191  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
296 aa  191  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40 
 
 
301 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
297 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  39.93 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  39.93 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
303 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
304 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
297 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
299 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
293 aa  190  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
297 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.07 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  40.07 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.43 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.43 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.43 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.94 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
294 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.09 
 
 
307 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
301 aa  189  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
301 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
299 aa  188  9e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
299 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  41.97 
 
 
299 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.87 
 
 
321 aa  188  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
304 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.88 
 
 
303 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.68 
 
 
293 aa  187  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
301 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
301 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
302 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
299 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.93 
 
 
294 aa  186  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.431042  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
310 aa  186  4e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
309 aa  186  5e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.16 
 
 
279 aa  186  5e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
273 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
309 aa  185  8e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
299 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.45 
 
 
295 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
299 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
296 aa  183  3e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
279 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
303 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 
294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  44.3 
 
 
300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  45.21 
 
 
303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
291 aa  182  5.0000000000000004e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  39.77 
 
 
303 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  39.77 
 
 
303 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>