More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3912 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
401 aa  779    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1020  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  60.27 
 
 
372 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168014  normal  0.586617 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  48.59 
 
 
394 aa  336  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  48.06 
 
 
357 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2436  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  45.74 
 
 
427 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3293  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  45.09 
 
 
403 aa  294  2e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0836045  hitchhiker  0.00293755 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17191  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent)-like alpha-hydroxy acid dehydrogenases  40.47 
 
 
390 aa  290  3e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  44.72 
 
 
415 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3706  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.78 
 
 
409 aa  288  8e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.267728  normal  0.192703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  44.59 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3174  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  45.9 
 
 
399 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.898854  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.71 
 
 
380 aa  286  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.36 
 
 
390 aa  285  7e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03020  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  42.78 
 
 
409 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  43.17 
 
 
392 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.13 
 
 
378 aa  283  5.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0107  putative FMN-dependent dehydrogenase  43.8 
 
 
420 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.67 
 
 
440 aa  281  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  41.58 
 
 
379 aa  280  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1172  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.15 
 
 
394 aa  279  6e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.44 
 
 
380 aa  279  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5798  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  44.89 
 
 
415 aa  279  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.87 
 
 
390 aa  279  7e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.6 
 
 
390 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  41.92 
 
 
386 aa  277  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  41.33 
 
 
379 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.42 
 
 
386 aa  277  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20471  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent) and related alpha-hydroxy acid dehydrogenases  40.89 
 
 
398 aa  277  3e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.819941 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.65 
 
 
381 aa  277  3e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1661  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.91 
 
 
415 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448458  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.95 
 
 
379 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  40.21 
 
 
381 aa  276  4e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4877  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  43.68 
 
 
379 aa  276  4e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.414226 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  40.21 
 
 
381 aa  276  4e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5297  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.98 
 
 
422 aa  276  5e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5475  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.78 
 
 
396 aa  276  6e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  41.37 
 
 
386 aa  275  8e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  42.52 
 
 
358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.76 
 
 
383 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.76 
 
 
399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.53 
 
 
397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  40.47 
 
 
383 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  43.39 
 
 
411 aa  274  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607996  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  40.47 
 
 
383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.95 
 
 
379 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.16 
 
 
381 aa  273  3e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3045  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.78 
 
 
374 aa  273  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.89 
 
 
381 aa  273  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0789  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.62 
 
 
431 aa  273  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  38.71 
 
 
381 aa  272  6e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0415  L-lactate dehydrogenase  43.6 
 
 
380 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.596015  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1750  L-lactate dehydrogenase  43.6 
 
 
380 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0374  L-lactate dehydrogenase  43.6 
 
 
380 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0688982  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  41.73 
 
 
396 aa  271  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1563  L-lactate dehydrogenase  43.6 
 
 
380 aa  271  1e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1229  L-lactate dehydrogenase  43.6 
 
 
380 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0499523  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  41.73 
 
 
396 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  41.73 
 
 
396 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.95 
 
 
390 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  41.73 
 
 
396 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.73 
 
 
396 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  41.73 
 
 
396 aa  271  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  41.73 
 
 
396 aa  271  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  41.73 
 
 
396 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2990  putative L-lactate dehydrogenase  43.32 
 
 
380 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181146  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2872  putative L-lactate dehydrogenase  43.32 
 
 
380 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.279679  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  41.73 
 
 
396 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3141  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.49 
 
 
410 aa  271  2e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.4786 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11900  L-lactate dehydrogenase (cytochrome) lldD2  43.85 
 
 
414 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.877385 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  41.3 
 
 
378 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.76 
 
 
391 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  39.84 
 
 
386 aa  270  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  40.98 
 
 
381 aa  270  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  40.98 
 
 
381 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  40.98 
 
 
381 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4469  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.58 
 
 
395 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0508385 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.32 
 
 
388 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.35 
 
 
379 aa  268  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3519  L-lactate dehydrogenase  41.44 
 
 
378 aa  268  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578811 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0717  FMN-dependent family dehydrogenase  44 
 
 
447 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1565  FMN-dependent family dehydrogenase  44 
 
 
407 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2038  FMN-dependent family dehydrogenase  44 
 
 
441 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  38.98 
 
 
380 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4230  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.96 
 
 
389 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2112  FMN-dependent family dehydrogenase  44 
 
 
447 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1831  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.53 
 
 
390 aa  268  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0453167  normal  0.549116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.39 
 
 
391 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2199  FMN-dependent family dehydrogenase  44 
 
 
441 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.258331  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  43.73 
 
 
441 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2117  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  41.64 
 
 
381 aa  267  2.9999999999999995e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.5 
 
 
385 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.48 
 
 
405 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3845  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  43.19 
 
 
397 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.67 
 
 
379 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3410  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.89 
 
 
435 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.194367  hitchhiker  0.0000661899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.96 
 
 
378 aa  265  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2407  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  44.82 
 
 
406 aa  265  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.463668  normal  0.0231198 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12000  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  41.44 
 
 
418 aa  265  1e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  42.47 
 
 
381 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3343  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.89 
 
 
417 aa  265  1e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.326898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>