More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3787 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 220 aa  427  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.18 
 
 		 221 aa  358  5e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.622159 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1823  ABC methionine transporter, ATPase subunit MetI  55.92 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.494642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.67 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.02 
 
 		 227 aa  191  7e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.780286 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5261  D-methionine ABC transporter, permease protein  52.86 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 		 217 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0282  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.38 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.64 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  52.38 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.63 
 
 		 225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.58 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.58 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.09 
 
 		 224 aa  182  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.49 
 
 		 221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0175  ABC transporter permease  50.96 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.713408  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0173  ABC transporter permease  50.96 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.560116  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.55 
 
 		 223 aa  180  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0194  ABC transporter, permease protein  50.96 
 
 		 222 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  52.97 
 
 		 218 aa  179  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.68 
 
 		 221 aa  179  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  52.97 
 
 		 218 aa  179  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.74 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.302856  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0165  ABC transporter, permease  50.48 
 
 		 222 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 		 219 aa  178  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.78 
 
 		 220 aa  177  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  53.14 
 
 		 217 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.87 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.104084  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  47.78 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.58 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  50.91 
 
 		 224 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.59 
 
 		 221 aa  175  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0252468 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  50.91 
 
 		 224 aa  174  7e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 		 224 aa  174  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.07 
 
 		 219 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000796266  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.94 
 
 		 213 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114041  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.37 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0974  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.87 
 
 		 219 aa  171  6.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.970638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 		 215 aa  171  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0197  ABC transporter, permease protein  50.48 
 
 		 222 aa  169  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0195  ABC transporter, permease protein  50.48 
 
 		 222 aa  169  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00533098  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0159  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.48 
 
 		 222 aa  169  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0217  ABC transporter, permease protein  50.48 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0566  ABC transporter integral membrane protein  53.52 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0576  ABC transporter integral membrane protein  53.52 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.332702 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0559  ABC transporter integral membrane protein  53.52 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384603  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0561  ABC transporter integral membrane protein  53.52 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0620  ABC transporter integral membrane protein  53.52 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 		 217 aa  168  7e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 		 217 aa  167  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  47.34 
 
 		 225 aa  167  8e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  50 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.71 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.129763 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  50 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  50 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  50 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  47.09 
 
 		 225 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5128  ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 222 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.75 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.45 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34260  putative permease of ABC transporter  46.3 
 
 		 217 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0163975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2911  ABC transporter permease  46.3 
 
 		 217 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.144856  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 		 223 aa  166  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.51 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  46.12 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 		 227 aa  165  4e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.63 
 
 		 222 aa  165  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.49 
 
 		 221 aa  165  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  50 
 
 		 218 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 		 218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.79 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.39 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.24 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.24 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.206806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.23 
 
 		 221 aa  162  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0543007  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 		 222 aa  161  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 		 217 aa  161  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.74 
 
 		 219 aa  160  9e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.388698  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.33 
 
 		 221 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 		 217 aa  159  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6305  ABC transporter permease  53.33 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72630  putative permease of ABC transporter  53.33 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0312  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  51.49 
 
 		 218 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.91 
 
 		 221 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.29 
 
 		 246 aa  158  6e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.42 
 
 		 217 aa  158  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0441885 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0903  ABC transporter, permease protein  46.48 
 
 		 221 aa  157  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0962  ABC transporter, permease protein  46.48 
 
 		 221 aa  157  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.496997  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.46 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>