More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3294 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
348 aa  687    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.62 
 
 
351 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.68 
 
 
339 aa  456  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.73 
 
 
341 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.88 
 
 
356 aa  436  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.46 
 
 
342 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.29 
 
 
339 aa  311  9e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.69 
 
 
323 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  48.17 
 
 
323 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.17 
 
 
323 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  48.17 
 
 
323 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.77 
 
 
323 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  47.87 
 
 
323 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  48.33 
 
 
323 aa  277  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.77 
 
 
323 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.77 
 
 
323 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  47.87 
 
 
323 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.56 
 
 
323 aa  276  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.77 
 
 
323 aa  276  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.46 
 
 
323 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.35 
 
 
326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.33 
 
 
327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.46 
 
 
323 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.33 
 
 
327 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  46.77 
 
 
326 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.73 
 
 
326 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
319 aa  267  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.5 
 
 
323 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.92 
 
 
329 aa  263  4e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.17 
 
 
324 aa  259  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  42.86 
 
 
332 aa  256  6e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
332 aa  256  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.86 
 
 
332 aa  255  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.04 
 
 
326 aa  255  9e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.96 
 
 
326 aa  252  9.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.83 
 
 
327 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  45.26 
 
 
321 aa  246  4e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  45.26 
 
 
321 aa  246  4e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.71 
 
 
328 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.99 
 
 
328 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.58 
 
 
325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.83 
 
 
328 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
314 aa  239  4e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.84 
 
 
327 aa  238  9e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.38 
 
 
328 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.98 
 
 
330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  43.49 
 
 
327 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.27 
 
 
328 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.67 
 
 
329 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.32 
 
 
325 aa  230  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.77 
 
 
328 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  39.33 
 
 
315 aa  222  6e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.91 
 
 
315 aa  219  5e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.24 
 
 
316 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  40.24 
 
 
316 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  40.24 
 
 
316 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.49 
 
 
327 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.24 
 
 
316 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  40.24 
 
 
316 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 
327 aa  218  8.999999999999998e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  39.26 
 
 
316 aa  212  9e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  38.62 
 
 
321 aa  196  6e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  36.2 
 
 
347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
325 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  36.14 
 
 
318 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  32.08 
 
 
359 aa  149  5e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  29.25 
 
 
635 aa  142  9.999999999999999e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.09 
 
 
311 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  30.96 
 
 
328 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
316 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
306 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
305 aa  114  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  32.33 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.11 
 
 
306 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
308 aa  84  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.37 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 
313 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
319 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.86 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
325 aa  71.2  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.81 
 
 
316 aa  70.9  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.347386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.947852  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
315 aa  68.2  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
311 aa  68.6  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000122092 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.38 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
306 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
331 aa  67.4  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
309 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  32.99 
 
 
319 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
320 aa  67  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  25.71 
 
 
321 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>