More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2030 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2030  CinA domain protein  100 
 
 		 174 aa  339  9e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3619  CinA-like  49.69 
 
 		 162 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.45601  normal  0.692675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7139  competence/damage-inducible protein cinA  51.27 
 
 		 160 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.876288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1897  CinA domain protein  55.32 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1678  CinA-like  48.15 
 
 		 163 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3350  CinA domain-containing protein  54.55 
 
 		 160 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1417  CinA domain-containing protein  49.32 
 
 		 159 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1740  competence/damage-inducible protein cinA  45.62 
 
 		 167 aa  120  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386919  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2467  CinA domain protein  36.54 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2959  CinA domain protein  39.29 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2089  competence-damaged protein  40.6 
 
 		 419 aa  81.3  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3471  competence/damage-inducible protein CinA  39.32 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1118  CinA domain protein  37.11 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.43976  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2617  CinA domain protein  40.37 
 
 		 172 aa  78.6  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0125  competence/damage-inducible protein CinA  38.38 
 
 		 400 aa  77.8  0.00000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0114565  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02801  molybdenum cofactor biosynthesis protein  36.13 
 
 		 424 aa  77.4  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.441283  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0280  competence damage-inducible protein A  39.83 
 
 		 421 aa  77.8  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_32786  predicted protein  34.48 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.333376  normal  0.784272 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1570  competence/damage-inducible protein CinA  33.77 
 
 		 413 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000404385  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0255  competence/damage-inducible protein cinA  41.53 
 
 		 419 aa  76.3  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02831  molybdenum cofactor biosynthesis protein  36.67 
 
 		 431 aa  75.5  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1676  competence damage-inducible protein A  35.83 
 
 		 418 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4900  competence/damage-inducible protein CinA  34.65 
 
 		 416 aa  72.8  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2558  competence/damage-inducible protein cinA  42.48 
 
 		 420 aa  72.4  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.109566  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2078  competence damage-inducible protein A  33.58 
 
 		 416 aa  71.6  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297659  hitchhiker  0.000644624 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03351  molybdenum cofactor biosynthesis protein  31.82 
 
 		 430 aa  71.6  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.120334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2702  competence/damage-inducible protein CinA  37.16 
 
 		 418 aa  71.2  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0301  hypothetical protein  28.38 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.241188 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0833  CinA domain protein  37.17 
 
 		 156 aa  70.9  0.00000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1471  competence/damage-inducible protein CinA  40 
 
 		 432 aa  69.7  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000360064  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2329  competence/damage-inducible protein CinA  36.29 
 
 		 429 aa  68.9  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1586  competence/damage-inducible protein CinA  35.4 
 
 		 408 aa  68.9  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000105098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1287  CinA-like  38.02 
 
 		 166 aa  68.2  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1623  competence/damage-inducible protein cinA  31.06 
 
 		 430 aa  67.8  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2526  competence/damage-inducible protein cinA  28.95 
 
 		 418 aa  67.8  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2662  competence damage-inducible protein A  33.08 
 
 		 425 aa  67.8  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1357  competence/damage-inducible protein CinA  29.8 
 
 		 417 aa  67.4  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1563  CinA domain protein  36.8 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13568  putative competence-damage inducible  28.8 
 
 		 415 aa  67  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0797  competence/damage-inducible protein cinA  42.15 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2770  hypothetical protein  41.38 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.335276  normal  0.296125 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11920  competence/damage-inducible protein CinA  32.85 
 
 		 413 aa  65.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353424  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5905  competence/damage-inducible protein CinA  36.97 
 
 		 437 aa  65.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0128  competence damage-inducible protein A  35.09 
 
 		 412 aa  65.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0674  competence/damage-inducible protein CinA  35.34 
 
 		 415 aa  65.1  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0848574  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3119  competence/damage-inducible protein CinA  37.61 
 
 		 415 aa  65.1  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0225  competence/damage-inducible protein CinA  35.79 
 
 		 408 aa  65.5  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0130  competence damage-inducible protein A  35.09 
 
 		 412 aa  65.1  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.135469  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3683  competence/damage-inducible protein CinA  38.76 
 
 		 408 aa  64.7  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.954377  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3752  competence/damage-inducible protein CinA  38.76 
 
 		 408 aa  64.7  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2541  competence/damage-inducible protein CinA  32.91 
 
 		 423 aa  64.7  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3745  competence/damage-inducible protein CinA  41.23 
 
 		 410 aa  64.7  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.952962 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3874  CinA, C-terminal  37.9 
 
 		 166 aa  63.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0712  CinA domain protein  35.67 
 
 		 162 aa  63.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1922  competence damage-inducible protein A  36.44 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0155904  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0626  competence damage-inducible protein A  35.4 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0814  competence/damage-inducible protein CinA  30.71 
 
 		 416 aa  63.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03514  hypothetical protein  33.33 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1291  competence/damage inducible protein CinA  35.24 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0461507  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1725  competence/damage inducible protein CinA  40 
 
 		 160 aa  62.4  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2330  competence/damage-inducible protein CinA  30.66 
 
 		 418 aa  62.4  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.261185 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02901  molybdenum cofactor biosynthesis protein  31.82 
 
 		 433 aa  62.4  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2080  competence damage-inducible protein A  38.53 
 
 		 414 aa  62.4  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0843  competence/damage-inducible protein CinA  30.71 
 
 		 416 aa  62.4  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1074  competence/damage-inducible protein CinA C-terminal domain protein  36.19 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.779028  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1097  CinA domain-containing protein  38.79 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.720492  normal  0.063804 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2606  CinA domain protein  39.66 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.590584  normal  0.640743 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2607  CinA domain-containing protein  37.72 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.095939 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3016  CinA domain protein  39.66 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.850522 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0922  CinA-like protein  35 
 
 		 162 aa  62  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5798  CinA domain protein  40.68 
 
 		 203 aa  62  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0842  competence damage-inducible protein A  37.17 
 
 		 413 aa  61.6  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.89652  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1871  competence/damage-inducible protein CinA  31.3 
 
 		 415 aa  61.6  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0858152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0259  competence/damage-inducible protein cinA  33.62 
 
 		 424 aa  61.6  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24701  molybdenum cofactor biosynthesis protein  43.22 
 
 		 429 aa  61.2  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02550  competence damage-inducible protein A  34.18 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0989  CinA domain protein  34.18 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00650499  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1012  competence damage-inducible protein A  34.18 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000218203 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2823  competence damage-inducible protein A  34.18 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0804324  hitchhiker  0.00000514203 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3032  competence damage-inducible protein A  35.44 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.162361  hitchhiker  0.00262793 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2981  competence damage-inducible protein A  35.44 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355767  decreased coverage  0.0000723064 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1187  competence damage-inducible protein A  35.78 
 
 		 416 aa  60.8  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000174522  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02515  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0457216  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0227  competence/damage-inducible protein CinA  34.74 
 
 		 408 aa  60.8  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2949  competence damage-inducible protein A  35.44 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2984  competence damage-inducible protein A  34.18 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0375437  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3139  competence damage-inducible protein A  35.44 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000242069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2836  competence damage-inducible protein A  34.18 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.193332  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0385  competence/damage inducible protein CinA  34.85 
 
 		 159 aa  60.5  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1186  competence/damage-inducible protein CinA  37.39 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3304  competence/damage-inducible protein CinA  37.59 
 
 		 432 aa  60.5  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102145  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1398  CinA domain-containing protein  37.5 
 
 		 175 aa  60.5  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3947  competence damage-inducible protein A  34.18 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.388392  normal  0.701681 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1497  competence/damage-inducible protein cinA  43.81 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.931703 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0221  CinA domain-containing protein  37.17 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2833  putative competence-damaged inducible protein  35.25 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0652  competence/damage-inducible protein CinA  39.66 
 
 		 420 aa  59.7  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3105  competence damage-inducible protein A  34.51 
 
 		 420 aa  59.7  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000208181  normal  0.532071 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1259  cinA family protein  36.52 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3538  competence/damage-inducible protein cinA  36.72 
 
 		 433 aa  59.3  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.278952  normal  0.12963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>