More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1495 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 541 aa  1108    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  84.47 
 
 		 544 aa  931    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  56.53 
 
 		 538 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  54.73 
 
 		 538 aa  576  1.0000000000000001e-163  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  48.93 
 
 		 568 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  42.51 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.65 
 
 		 509 aa  292  8e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 		 807 aa  236  9e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.69 
 
 		 534 aa  231  3e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  32.96 
 
 		 551 aa  231  3e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.69 
 
 		 534 aa  230  4e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  35.46 
 
 		 545 aa  230  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 517 aa  220  5e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.78 
 
 		 550 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  36.08 
 
 		 535 aa  213  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.44 
 
 		 517 aa  211  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.53 
 
 		 525 aa  210  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.64 
 
 		 518 aa  210  5e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3532  AMP-binding enzyme  33.99 
 
 		 554 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.291256  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 550 aa  208  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.39 
 
 		 517 aa  207  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 549 aa  207  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 520 aa  207  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 		 554 aa  207  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.336629  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 554 aa  206  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.909948 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.74 
 
 		 517 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  30.02 
 
 		 547 aa  205  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 542 aa  205  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 527 aa  205  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 544 aa  204  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.74 
 
 		 517 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 509 aa  204  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 		 539 aa  203  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.54 
 
 		 517 aa  203  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.54 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.9 
 
 		 517 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.15 
 
 		 517 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 535 aa  200  7e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.28 
 
 		 537 aa  199  7e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.7 
 
 		 522 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  29.7 
 
 		 522 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.9 
 
 		 522 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 708 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.49 
 
 		 505 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.7 
 
 		 517 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  32.47 
 
 		 547 aa  198  3e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.7 
 
 		 522 aa  197  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.55 
 
 		 516 aa  197  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 517 aa  196  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2539  putative acyl-CoA synthetase  32.3 
 
 		 546 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.389975 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 511 aa  192  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 		 490 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 492 aa  192  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.1 
 
 		 514 aa  192  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 513 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22810  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.31 
 
 		 500 aa  190  5.999999999999999e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 		 572 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.42 
 
 		 512 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 507 aa  189  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 499 aa  188  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 521 aa  187  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  29.04 
 
 		 575 aa  186  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 509 aa  186  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  33.62 
 
 		 485 aa  184  3e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 543 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  29.16 
 
 		 536 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.29 
 
 		 538 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.44 
 
 		 503 aa  183  7e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 		 501 aa  183  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  30.56 
 
 		 513 aa  183  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  30.57 
 
 		 662 aa  183  8.000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 512 aa  182  9.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 		 630 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 531 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.2 
 
 		 556 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.2 
 
 		 556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 531 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.2 
 
 		 556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.32 
 
 		 510 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.93 
 
 		 510 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.18 
 
 		 510 aa  180  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.88 
 
 		 510 aa  180  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 508 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.88 
 
 		 510 aa  180  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.18 
 
 		 510 aa  180  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  29.53 
 
 		 576 aa  180  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  29.11 
 
 		 575 aa  180  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  29.11 
 
 		 575 aa  180  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.18 
 
 		 510 aa  179  8e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.18 
 
 		 510 aa  179  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.91 
 
 		 491 aa  179  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.18 
 
 		 510 aa  179  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 508 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  30 
 
 		 570 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 525 aa  179  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 		 552 aa  178  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  29.32 
 
 		 575 aa  178  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  29.89 
 
 		 576 aa  177  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.54 
 
 		 510 aa  177  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>