More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3855 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3532  AMP-binding enzyme  61.82 
 
 
554 aa  660    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.291256  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2837  AMP-dependent synthetase and ligase  61.79 
 
 
554 aa  645    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.336629  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  61.64 
 
 
554 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.909948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
550 aa  1115    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2539  putative acyl-CoA synthetase  43.68 
 
 
546 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.389975 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  41.43 
 
 
547 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  42.8 
 
 
509 aa  354  2e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  42.56 
 
 
807 aa  331  2e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 
517 aa  313  5.999999999999999e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 
525 aa  253  7e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 
512 aa  247  4e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 
521 aa  245  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 
520 aa  231  3e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 
508 aa  230  4e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.35 
 
 
516 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.89 
 
 
514 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  32.96 
 
 
518 aa  228  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 
544 aa  226  8e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.78 
 
 
512 aa  225  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  34.77 
 
 
538 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 
511 aa  225  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 
490 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 
511 aa  223  6e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 
513 aa  220  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 
559 aa  219  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.08 
 
 
515 aa  218  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 
492 aa  218  2.9999999999999998e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.25 
 
 
517 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.06 
 
 
517 aa  217  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 
527 aa  216  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.06 
 
 
517 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 
565 aa  215  1.9999999999999998e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.87 
 
 
517 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 
544 aa  215  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.87 
 
 
517 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1557  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 
544 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6272  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 
544 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417798  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 
551 aa  214  3.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 
591 aa  213  7.999999999999999e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 
506 aa  212  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  31.03 
 
 
549 aa  212  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 
544 aa  212  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  32.73 
 
 
544 aa  213  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 
590 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 
541 aa  212  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 
554 aa  212  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 
583 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6761  AMP-dependent synthetase and ligase  32.53 
 
 
544 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315927  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.14 
 
 
534 aa  210  4e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 
549 aa  210  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 
568 aa  210  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.14 
 
 
534 aa  210  7e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.37 
 
 
662 aa  209  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0293  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 
533 aa  209  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.406694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  30.97 
 
 
549 aa  209  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.79 
 
 
517 aa  208  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 
520 aa  208  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  32.54 
 
 
549 aa  208  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 
551 aa  207  4e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 
561 aa  206  6e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 
539 aa  206  7e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 
557 aa  206  8e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 
523 aa  206  9e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
510 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 
532 aa  205  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.51 
 
 
510 aa  205  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
510 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.07 
 
 
521 aa  204  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
510 aa  203  6e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
510 aa  203  6e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
520 aa  203  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
510 aa  203  6e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
510 aa  202  9e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 
553 aa  202  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 
537 aa  202  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
510 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 
584 aa  202  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.41 
 
 
510 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.97 
 
 
566 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 
522 aa  202  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  31.2 
 
 
604 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 
511 aa  201  3e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  29.53 
 
 
498 aa  201  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
538 aa  201  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.44 
 
 
510 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3009  AMP-binding domain protein  32.48 
 
 
546 aa  200  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5806  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 
562 aa  200  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154251  normal  0.312131 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5361  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 
544 aa  200  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.521806  normal  0.341711 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 
577 aa  200  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 
573 aa  199  7.999999999999999e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.590511 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 
509 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 
567 aa  199  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  31.35 
 
 
564 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 
843 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  30.2 
 
 
599 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.55 
 
 
522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  29.96 
 
 
552 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 
525 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  30.55 
 
 
522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 
579 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>