More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3114 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  608  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171582  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.65 
 
 
310 aa  325  5e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.33 
 
 
305 aa  323  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.94 
 
 
308 aa  321  9.999999999999999e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
299 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.04 
 
 
317 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158741  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  49.01 
 
 
302 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.86 
 
 
298 aa  296  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.68 
 
 
302 aa  289  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.34 
 
 
311 aa  286  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.92 
 
 
309 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
310 aa  215  8e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
287 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
296 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.99 
 
 
301 aa  209  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  39.86 
 
 
300 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.86 
 
 
299 aa  205  6e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.86 
 
 
299 aa  205  6e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.86 
 
 
299 aa  205  6e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.86 
 
 
299 aa  205  6e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.86 
 
 
299 aa  205  7e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.73 
 
 
285 aa  205  9e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.95 
 
 
300 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
300 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
299 aa  202  6e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  37.63 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
309 aa  198  7.999999999999999e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
294 aa  198  7.999999999999999e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
302 aa  198  9e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.85 
 
 
288 aa  197  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
273 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
312 aa  196  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
304 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
300 aa  196  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
299 aa  195  6e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.19 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
308 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  38.04 
 
 
283 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
300 aa  193  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
284 aa  192  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
302 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
300 aa  191  9e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
310 aa  191  9e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 
302 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
305 aa  190  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
278 aa  190  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.28 
 
 
279 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.61 
 
 
325 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
285 aa  189  5e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
308 aa  189  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.08 
 
 
302 aa  188  8e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.42 
 
 
303 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
300 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.09 
 
 
303 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.88 
 
 
308 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
284 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
296 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
300 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  39.79 
 
 
299 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
280 aa  187  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
296 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
303 aa  186  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  40.6 
 
 
288 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
313 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
307 aa  186  5e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
303 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.1 
 
 
317 aa  185  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
305 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
308 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.53 
 
 
282 aa  185  7e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
308 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 
309 aa  185  7e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
304 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
289 aa  185  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  40.57 
 
 
276 aa  185  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  39.92 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.64 
 
 
290 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
273 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266174  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.35 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
303 aa  183  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.39 
 
 
304 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  38.82 
 
 
303 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
274 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
300 aa  183  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  38.96 
 
 
290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
291 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
301 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
311 aa  182  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
310 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  38.31 
 
 
341 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.55 
 
 
284 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  38.81 
 
 
300 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
299 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>