174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1367 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1367  cyclase/dehydrase  100 
 
 		 148 aa  310  3.9999999999999997e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2787  hypothetical protein  75 
 
 		 150 aa  239  9e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.104721  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1429  cyclase/dehydrase  75 
 
 		 150 aa  239  9e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0355733 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1045  cyclase/dehydrase  74.32 
 
 		 150 aa  237  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.447499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1580  putative polyketide cyclase / dehydrase  70.95 
 
 		 171 aa  220  4.9999999999999996e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3870  cyclase/dehydrase  68.46 
 
 		 150 aa  212  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2231  cyclase/dehydrase  61.49 
 
 		 149 aa  192  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.619075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1876  cyclase/dehydrase  54.73 
 
 		 147 aa  170  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3135  cyclase/dehydrase  48.65 
 
 		 161 aa  157  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.485455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0166  cyclase/dehydrase  55.41 
 
 		 164 aa  154  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.900477  hitchhiker  0.00454879 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1614  cyclase/dehydrase  43.24 
 
 		 150 aa  146  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2066  cyclase/dehydrase  44.3 
 
 		 151 aa  146  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2585  cyclase/dehydrase  46.98 
 
 		 157 aa  144  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701864  hitchhiker  0.00428625 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1081  hypothetical protein  44.67 
 
 		 152 aa  144  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.710996  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1807  cyclase/dehydrase  42.86 
 
 		 150 aa  144  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529601  hitchhiker  0.000967244 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2887  cyclase/dehydrase  45.64 
 
 		 157 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2175  cyclase/dehydrase  44.67 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.51911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2858  cyclase/dehydrase  45.64 
 
 		 157 aa  141  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.281065  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2573  cyclase/dehydrase  44.67 
 
 		 158 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  0.720561 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1280  cyclase/dehydrase  44.97 
 
 		 159 aa  141  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1832  cyclase/dehydrase  44.97 
 
 		 155 aa  141  4e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.491561  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0539  cyclase/dehydrase family protein  39.6 
 
 		 153 aa  140  7e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0189315  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1623  cyclase/dehydrase  42.57 
 
 		 151 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2825  cyclase/dehydrase  48.65 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0242  cyclase/dehydrase  45.27 
 
 		 161 aa  138  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2924  cyclase/dehydrase  42.95 
 
 		 152 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2128  hypothetical protein  39.86 
 
 		 150 aa  137  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2800  cyclase/dehydrase  43.33 
 
 		 152 aa  136  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3028  cyclase/dehydrase  43.33 
 
 		 152 aa  136  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.386166  normal  0.379751 
 
 
-
 
NC_004310  BR1123  hypothetical protein  46.27 
 
 		 136 aa  135  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447195  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1440  cyclase/dehydrase  46.31 
 
 		 155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0811993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3950  hypothetical protein  43.33 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308895  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1922  cyclase/dehydrase  44.3 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.09657  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3898  cyclase/dehydrase  39.6 
 
 		 152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.514225 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6534  cyclase/dehydrase  38.93 
 
 		 151 aa  124  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00656463  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5925  cyclase/dehydrase  38.93 
 
 		 151 aa  122  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.910171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1085  cyclase/dehydrase  37.16 
 
 		 149 aa  121  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1696  hypothetical protein  41.22 
 
 		 164 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0524  cyclase/dehydrase  37.16 
 
 		 152 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1512  cyclase/dehydrase  36.91 
 
 		 152 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.530425 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3221  cyclase/dehydrase  39.86 
 
 		 144 aa  110  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2434  cyclase/dehydrase  39.19 
 
 		 145 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.37725  normal  0.141169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3301  cyclase/dehydrase  38.78 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1703  hypothetical protein  38.51 
 
 		 145 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2771  hypothetical protein  39.46 
 
 		 158 aa  105  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.117856  normal  0.130491 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2050  cyclase/dehydrase superfamily  37.84 
 
 		 145 aa  105  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0938384  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3859  hypothetical protein  39.46 
 
 		 158 aa  105  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3008  hypothetical protein  39.46 
 
 		 145 aa  105  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00761479  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2903  hypothetical protein  39.46 
 
 		 145 aa  105  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247962  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02507  hypothetical protein  39.46 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.1621  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1056  cyclase/dehydrase  39.46 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.454837  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2777  hypothetical protein  39.46 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000964625  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02471  hypothetical protein  39.46 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.19522  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1531  hypothetical protein  37.84 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278395  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1065  hypothetical protein  39.46 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341298  normal  0.549802 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2031  hypothetical protein  37.84 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251381  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3281  hypothetical protein  37.84 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238258  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2411  hypothetical protein  37.84 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.887762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2465  hypothetical protein  37.84 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.272649  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1302  hypothetical protein  37.84 
 
 		 145 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0960  hypothetical protein  38.1 
 
 		 148 aa  103  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1278  cyclase/dehydrase  36.49 
 
 		 145 aa  103  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.775786  normal  0.639124 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1529  cyclase/dehydrase  36.69 
 
 		 185 aa  103  7e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0725  hypothetical protein  38.1 
 
 		 148 aa  103  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.242163  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0445  cyclase/dehydrase  38.26 
 
 		 145 aa  103  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0136661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0527  cyclase/dehydrase  40.44 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2031  cyclase/dehydrase  36.49 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137857  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1425  cyclase/dehydrase  39.71 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5308  cyclase/dehydrase  35.81 
 
 		 145 aa  101  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.225873  normal  0.133474 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2437  cyclase/dehydrase  35.76 
 
 		 148 aa  101  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6079  cyclase/dehydrase  35.81 
 
 		 145 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1998  cyclase/dehydrase  35.81 
 
 		 145 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.315392  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2882  hypothetical protein  38.1 
 
 		 158 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2902  hypothetical protein  37.41 
 
 		 158 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.51613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2900  hypothetical protein  37.41 
 
 		 158 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2832  hypothetical protein  37.41 
 
 		 158 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0555762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3014  hypothetical protein  37.41 
 
 		 158 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3689  hypothetical protein  36.05 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0488001  normal  0.176702 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0505  hypothetical protein  32.65 
 
 		 175 aa  99.4  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2004  cyclase/dehydrase  35.76 
 
 		 148 aa  99.4  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0398865  normal  0.691542 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0964  cyclase/dehydrase  36.49 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0411  hypothetical protein  35.14 
 
 		 144 aa  98.2  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3099  hypothetical protein  35.37 
 
 		 158 aa  98.2  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31721  normal  0.377691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3630  cyclase/dehydrase  33.57 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2979  hypothetical protein  35.37 
 
 		 144 aa  97.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.587752  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1373  hypothetical protein  35.37 
 
 		 144 aa  97.8  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244514  normal  0.0546324 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2892  hypothetical protein  35.37 
 
 		 144 aa  98.2  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000179242  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2478  hypothetical protein  34.44 
 
 		 145 aa  97.8  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0202034  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0435  hypothetical protein  35.14 
 
 		 144 aa  97.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2750  cyclase/dehydrase  31.76 
 
 		 150 aa  97.4  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258505  normal  0.0234305 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01810  cyclase/dehydrase  32.43 
 
 		 146 aa  97.1  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000564706  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0700  cyclase/dehydrase  33.33 
 
 		 144 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220634  hitchhiker  0.0000821406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4733  cyclase/dehydrase  32.89 
 
 		 144 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.476738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63050  hypothetical protein  31.54 
 
 		 144 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4513  hypothetical protein  33.56 
 
 		 157 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.334417  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4201  cyclase/dehydrase  35.33 
 
 		 144 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4732  cyclase/dehydrase  33.33 
 
 		 182 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.22786  normal  0.0214019 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0757  cyclase/dehydrase  32.21 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1408  cyclase/dehydrase  31.08 
 
 		 143 aa  95.9  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4598  cyclase/dehydrase  33.33 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.762203  normal  0.138792 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>