176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2128 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2128  hypothetical protein  100 
 
 		 150 aa  311  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1807  cyclase/dehydrase  71.33 
 
 		 150 aa  231  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529601  hitchhiker  0.000967244 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1085  cyclase/dehydrase  71.81 
 
 		 149 aa  231  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1614  cyclase/dehydrase  70.95 
 
 		 150 aa  230  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2066  cyclase/dehydrase  69.13 
 
 		 151 aa  221  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1623  cyclase/dehydrase  66.22 
 
 		 151 aa  215  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1081  hypothetical protein  67.11 
 
 		 152 aa  215  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.710996  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1123  hypothetical protein  69.92 
 
 		 136 aa  199  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447195  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0539  cyclase/dehydrase family protein  59.73 
 
 		 153 aa  194  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0189315  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1832  cyclase/dehydrase  57.33 
 
 		 155 aa  181  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.491561  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2175  cyclase/dehydrase  56 
 
 		 152 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.51911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3898  cyclase/dehydrase  56.95 
 
 		 152 aa  173  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.514225 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2800  cyclase/dehydrase  55.7 
 
 		 152 aa  173  8e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3028  cyclase/dehydrase  55.7 
 
 		 152 aa  173  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.386166  normal  0.379751 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2573  cyclase/dehydrase  53.02 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  0.720561 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6534  cyclase/dehydrase  55.03 
 
 		 151 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00656463  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2924  cyclase/dehydrase  55.03 
 
 		 152 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2858  cyclase/dehydrase  54 
 
 		 157 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.281065  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1512  cyclase/dehydrase  56.38 
 
 		 152 aa  171  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.530425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5925  cyclase/dehydrase  54.36 
 
 		 151 aa  168  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.910171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3950  hypothetical protein  53.69 
 
 		 157 aa  168  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308895  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2585  cyclase/dehydrase  54.36 
 
 		 157 aa  167  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701864  hitchhiker  0.00428625 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2887  cyclase/dehydrase  52.35 
 
 		 157 aa  164  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0524  cyclase/dehydrase  53.02 
 
 		 152 aa  163  8e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1440  cyclase/dehydrase  53.02 
 
 		 155 aa  154  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0811993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1367  cyclase/dehydrase  39.86 
 
 		 148 aa  137  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3870  cyclase/dehydrase  42.67 
 
 		 150 aa  137  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3135  cyclase/dehydrase  42.95 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.485455 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2787  hypothetical protein  41.22 
 
 		 150 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.104721  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1429  cyclase/dehydrase  41.22 
 
 		 150 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0355733 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1045  cyclase/dehydrase  41.22 
 
 		 150 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.447499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1580  putative polyketide cyclase / dehydrase  39.19 
 
 		 171 aa  130  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1876  cyclase/dehydrase  41.33 
 
 		 147 aa  127  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458144  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0242  cyclase/dehydrase  43.62 
 
 		 161 aa  125  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1922  cyclase/dehydrase  44.3 
 
 		 153 aa  124  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.09657  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1280  cyclase/dehydrase  39.33 
 
 		 159 aa  121  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0166  cyclase/dehydrase  41.22 
 
 		 164 aa  120  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.900477  hitchhiker  0.00454879 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2825  cyclase/dehydrase  40.94 
 
 		 156 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2231  cyclase/dehydrase  40 
 
 		 149 aa  117  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.619075  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1696  hypothetical protein  36.67 
 
 		 164 aa  104  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1437  cyclase/dehydrase  39.13 
 
 		 166 aa  101  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00296077  hitchhiker  0.00000517245 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3373  cyclase/dehydrase  34.27 
 
 		 159 aa  100  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0527  cyclase/dehydrase  36.88 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3100  cyclase/dehydrase  33.56 
 
 		 146 aa  98.6  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1425  cyclase/dehydrase  36.17 
 
 		 143 aa  98.2  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1257  cyclase/dehydrase  35.66 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2551  cyclase/dehydrase  35.66 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422597 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1531  hypothetical protein  33.57 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278395  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3221  cyclase/dehydrase  35.14 
 
 		 144 aa  96.7  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1202  cyclase/dehydrase  35.57 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.573525  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2031  hypothetical protein  33.57 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251381  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3281  hypothetical protein  33.57 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238258  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2411  hypothetical protein  33.57 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.887762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2465  hypothetical protein  33.57 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.272649  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1302  hypothetical protein  33.57 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1230  cyclase/dehydrase  38.1 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2434  cyclase/dehydrase  32.86 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.37725  normal  0.141169 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1755  hypothetical protein  33.11 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.982955 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2050  cyclase/dehydrase superfamily  33.57 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0938384  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0505  hypothetical protein  31.29 
 
 		 175 aa  95.5  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2004  cyclase/dehydrase  32.87 
 
 		 148 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0398865  normal  0.691542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1302  cyclase/dehydrase  34.9 
 
 		 145 aa  95.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.34428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1392  oligoketide cyclase/lipid transport protein  33.11 
 
 		 146 aa  94.7  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000575207  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1454  polyketide cyclase/dehydrase family protein  33.11 
 
 		 146 aa  94.7  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000012561  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3005  cyclase/dehydrase  31.82 
 
 		 168 aa  94  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2750  cyclase/dehydrase  34.46 
 
 		 150 aa  94  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258505  normal  0.0234305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2758  cyclase/dehydrase  33.33 
 
 		 148 aa  94  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0964  cyclase/dehydrase  32.21 
 
 		 145 aa  93.6  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1269  cyclase/dehydrase  37.41 
 
 		 143 aa  93.6  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.858144  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1425  hypothetical protein  32.89 
 
 		 145 aa  93.2  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0213458  hitchhiker  0.00808443 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5308  cyclase/dehydrase  32.14 
 
 		 145 aa  92.8  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.225873  normal  0.133474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2291  cyclase/dehydrase  33.57 
 
 		 147 aa  92.8  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.784882  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1457  cyclase/dehydrase  34.75 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1278  cyclase/dehydrase  31.43 
 
 		 145 aa  92.8  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.775786  normal  0.639124 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1474  hypothetical protein  36.05 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2437  cyclase/dehydrase  31.13 
 
 		 148 aa  92.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6079  cyclase/dehydrase  32.14 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2775  cyclase/dehydrase  36.05 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0618615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2853  cyclase/dehydrase  36.05 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2031  cyclase/dehydrase  31.43 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137857  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1998  cyclase/dehydrase  32.14 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.315392  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2951  cyclase/dehydrase  36.05 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2387  hypothetical protein  37.16 
 
 		 144 aa  92.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.873235  normal  0.259077 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1703  hypothetical protein  31.43 
 
 		 145 aa  91.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3301  cyclase/dehydrase  34.69 
 
 		 144 aa  91.3  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3051  cyclase/dehydrase  36.73 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.247309 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1308  cyclase/dehydrase  36.73 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1335  cyclase/dehydrase  36.73 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1299  cyclase/dehydrase  36.73 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1366  cyclase/dehydrase  33.56 
 
 		 145 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.17732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2341  cyclase/dehydrase  31.76 
 
 		 147 aa  90.1  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.131655 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1860  cyclase/dehydrase  34.51 
 
 		 145 aa  89.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1408  cyclase/dehydrase  29.73 
 
 		 143 aa  89.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1144  cyclase/dehydrase  32.89 
 
 		 145 aa  89.7  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.322411 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1484  cyclase/dehydrase  31.76 
 
 		 148 aa  90.1  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.72758  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1529  cyclase/dehydrase  36.11 
 
 		 185 aa  89.7  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3099  hypothetical protein  32.65 
 
 		 158 aa  89.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31721  normal  0.377691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1521  cyclase/dehydrase  34.69 
 
 		 145 aa  89  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.351498  hitchhiker  0.00471507 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3368  cyclase/dehydrase  31.54 
 
 		 148 aa  89.4  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00867336  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3630  cyclase/dehydrase  29.45 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>