More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1993 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 319 aa  640    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  63.73 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 312 aa  351  1e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  55.74 
 
 		 308 aa  344  1e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  55.74 
 
 		 308 aa  344  1e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 318 aa  331  8e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  50.17 
 
 		 314 aa  290  3e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 307 aa  274  1.0000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.12 
 
 		 300 aa  267  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.5 
 
 		 290 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.48 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  37 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 329 aa  182  7e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  36.63 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.7 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  36.26 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 290 aa  176  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  36.63 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 322 aa  176  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.8 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  38.93 
 
 		 329 aa  173  2.9999999999999996e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  34.68 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  40.5 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 337 aa  172  5.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 322 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  36.61 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  38.52 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  38.34 
 
 		 336 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  41.61 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.1 
 
 		 291 aa  166  6.9999999999999995e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  164  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 307 aa  162  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>