More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0337 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
265 aa  521  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142527  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
279 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
282 aa  169  6e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  39.62 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  38.85 
 
 
276 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0984  short chain dehydrogenase  42.28 
 
 
283 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
273 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.01823 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
281 aa  157  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.966352 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8863  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
282 aa  156  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
285 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 
282 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
279 aa  151  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.96036  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
280 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 
279 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
274 aa  149  5e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
276 aa  146  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  37.97 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
274 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
275 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
280 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
277 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
283 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
279 aa  143  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  38.93 
 
 
278 aa  143  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  37.79 
 
 
277 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
275 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
338 aa  142  6e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
281 aa  142  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  34.55 
 
 
275 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  38.11 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
279 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
268 aa  139  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
275 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
279 aa  137  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
272 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
268 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
279 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
273 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
277 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
299 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
281 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
277 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
272 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  35.39 
 
 
287 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
277 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
279 aa  135  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.95 
 
 
306 aa  135  7.000000000000001e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
287 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 
280 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
277 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  34.71 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.47 
 
 
298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0773345 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
295 aa  132  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
283 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
283 aa  132  7.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  35.25 
 
 
847 aa  129  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 
274 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
280 aa  129  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
277 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
268 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
276 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  31.27 
 
 
282 aa  129  7.000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
268 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
279 aa  128  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  38.05 
 
 
268 aa  128  9.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  32.53 
 
 
287 aa  128  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 
268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
288 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
285 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.239273 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 
278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02393  short chain oxidoreductase/dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G01770)  40.84 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.930439  normal  0.559669 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 
268 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>