More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3742 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 291 aa  188  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  32.65 
 
 		 315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 326 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  32.08 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  35.21 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  34.12 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 287 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.86 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  125  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  30.8 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  30.94 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>