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for query gene Ssed_0254 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 		 400 aa  799    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  87.25 
 
 		 400 aa  710    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3588  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  84.25 
 
 		 400 aa  687    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3750  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  80.95 
 
 		 402 aa  636    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3948  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  80.95 
 
 		 402 aa  634    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0325  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  81.34 
 
 		 402 aa  635    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  80.5 
 
 		 400 aa  668    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3823  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  80.7 
 
 		 402 aa  633  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4555  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  81.45 
 
 		 402 aa  621  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4138  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  78.2 
 
 		 402 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  78.2 
 
 		 402 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0763382 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0196  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  78.2 
 
 		 402 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0196  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  78.2 
 
 		 402 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3494  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  72.54 
 
 		 402 aa  589  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.61895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0297  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  71.75 
 
 		 401 aa  590  1e-167  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.169159  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3448  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  69.75 
 
 		 400 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0543  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily protein  71.21 
 
 		 400 aa  568  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00469398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2992  MFS transporter  47.04 
 
 		 401 aa  340  4e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002080  putative multidrug resistance protein  42.13 
 
 		 397 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2445  putative multidrug resistance protein  45.43 
 
 		 400 aa  311  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00358  permease  41.12 
 
 		 423 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2509  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  49.46 
 
 		 389 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2254  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.22 
 
 		 399 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.22 
 
 		 400 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.799827  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2744  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.02 
 
 		 397 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000519122 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2106  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.18 
 
 		 397 aa  202  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.758817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1996  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.18 
 
 		 397 aa  202  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.8 
 
 		 392 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1329  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.82 
 
 		 398 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00139075  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1271  multidrug resistance transporter, Bcr family  31.82 
 
 		 398 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0103038  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1320  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.93 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1232  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.71 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.104179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.23 
 
 		 405 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2505  hypothetical protein  32.41 
 
 		 371 aa  166  8e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5141  multidrug efflux system protein MdtL  28.75 
 
 		 391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2204  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.83 
 
 		 402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.47 
 
 		 401 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2359  hypothetical protein  32.41 
 
 		 371 aa  165  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03594  multidrug efflux system protein  28.75 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4212  multidrug efflux system protein MdtL  28.75 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03538  hypothetical protein  28.75 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4219  multidrug efflux system protein MdtL  28.75 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4284  multidrug efflux system protein MdtL  28.75 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3924  multidrug efflux system protein MdtL  28.75 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4178  multidrug efflux system protein MdtL  31.07 
 
 		 395 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.576296  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4257  major facilitator superfamily MFS_1  28.75 
 
 		 391 aa  162  7e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4056  multidrug efflux system protein MdtL  30.79 
 
 		 395 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.13 
 
 		 398 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4077  multidrug efflux system protein MdtL  28.75 
 
 		 391 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4128  multidrug efflux system protein MdtL  30.79 
 
 		 395 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.505152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  32.22 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4071  multidrug efflux system protein MdtL  30.79 
 
 		 395 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  32.22 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  33.96 
 
 		 414 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4235  multidrug efflux system protein MdtL  30.51 
 
 		 395 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.33 
 
 		 401 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  32.13 
 
 		 398 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001150  putative multidrug resistance protein  26.34 
 
 		 396 aa  156  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00286721  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.27 
 
 		 461 aa  155  9e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.76 
 
 		 404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.84 
 
 		 409 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3587  multidrug efflux system protein MdtL  28.32 
 
 		 396 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  32.1 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.1 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0064  chloramphenicol resistance protein  32.34 
 
 		 419 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.629663 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.63 
 
 		 394 aa  152  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.07 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.1 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1335  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.87 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.409904  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.2 
 
 		 399 aa  150  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4021  multidrug efflux system protein MdtL  27.75 
 
 		 396 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.16 
 
 		 409 aa  150  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0040  florfenicol/chloramphenicol resistance protein FloR  31.25 
 
 		 404 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.72 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0383  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.08 
 
 		 419 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0372929 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.11 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2519  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.85 
 
 		 399 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.632928 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.59 
 
 		 405 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0349  major facilitator superfamily multi-drug efflux pump  32.08 
 
 		 419 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3944  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.67 
 
 		 401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25390  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.48 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.721605  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3550  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.93 
 
 		 395 aa  146  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4147  multidrug efflux system protein MdtL  29.14 
 
 		 391 aa  146  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.85 
 
 		 412 aa  147  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.81 
 
 		 424 aa  146  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.16 
 
 		 412 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  33.84 
 
 		 402 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.35 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.44 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3647  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.68 
 
 		 386 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.289957 
 
 
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NC_013457  VEA_000830  multidrug resistance protein D  30.18 
 
 		 401 aa  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131991  n/a   
 
 
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NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.32 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.525477 
 
 
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NC_009720  Xaut_1990  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.03 
 
 		 452 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.648809  normal  1 
 
 
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NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.03 
 
 		 395 aa  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.93 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
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NC_013169  Ksed_20220  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.52 
 
 		 415 aa  144  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.179817 
 
 
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NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.09 
 
 		 458 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.09 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.36 
 
 		 405 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
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NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.61 
 
 		 398 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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