More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3588 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  84.25 
 
 		 400 aa  687    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3588  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 		 400 aa  793    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  84.25 
 
 		 400 aa  688    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.75 
 
 		 400 aa  634    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3750  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  81.2 
 
 		 402 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3948  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  81.45 
 
 		 402 aa  624  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0325  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  80.35 
 
 		 402 aa  620  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3823  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  80.45 
 
 		 402 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.69 
 
 		 402 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0763382 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4555  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  80.45 
 
 		 402 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0196  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.44 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4138  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.44 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0196  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  76.44 
 
 		 402 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0297  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  72 
 
 		 401 aa  596  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.169159  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3494  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  71.54 
 
 		 402 aa  580  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.61895  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3448  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  71.46 
 
 		 400 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0543  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily protein  72.47 
 
 		 400 aa  571  1.0000000000000001e-162  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00469398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2992  MFS transporter  44.56 
 
 		 401 aa  331  1e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002080  putative multidrug resistance protein  41.37 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00358  permease  41.88 
 
 		 423 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2445  putative multidrug resistance protein  46.52 
 
 		 400 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2509  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  51.5 
 
 		 389 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  39.74 
 
 		 400 aa  219  7.999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.799827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2254  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  39.63 
 
 		 399 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2744  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.94 
 
 		 397 aa  205  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000519122 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2106  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.77 
 
 		 397 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.758817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1996  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.77 
 
 		 397 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.77 
 
 		 392 aa  177  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2204  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.04 
 
 		 402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5141  multidrug efflux system protein MdtL  29.59 
 
 		 391 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  36.45 
 
 		 414 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.77 
 
 		 401 aa  166  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03594  multidrug efflux system protein  29.77 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3924  multidrug efflux system protein MdtL  29.77 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4219  multidrug efflux system protein MdtL  29.77 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  33.5 
 
 		 392 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4212  multidrug efflux system protein MdtL  29.77 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03538  hypothetical protein  29.77 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4284  multidrug efflux system protein MdtL  29.77 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4257  major facilitator superfamily MFS_1  29.77 
 
 		 391 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  33.25 
 
 		 392 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.9 
 
 		 405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A1329  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.89 
 
 		 398 aa  162  8.000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00139075  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_4077  multidrug efflux system protein MdtL  29.77 
 
 		 391 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1271  multidrug resistance transporter, Bcr family  29.89 
 
 		 398 aa  162  8.000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0103038  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.97 
 
 		 409 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4056  multidrug efflux system protein MdtL  30.75 
 
 		 395 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.64 
 
 		 405 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4128  multidrug efflux system protein MdtL  30.75 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.505152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4178  multidrug efflux system protein MdtL  30.75 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.576296  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  32.01 
 
 		 398 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2505  hypothetical protein  31.55 
 
 		 371 aa  160  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2359  hypothetical protein  32.27 
 
 		 371 aa  160  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4071  multidrug efflux system protein MdtL  30.75 
 
 		 395 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706345  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.54 
 
 		 398 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4235  multidrug efflux system protein MdtL  30.25 
 
 		 395 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637245  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.81 
 
 		 461 aa  158  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1232  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.63 
 
 		 396 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.104179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  30 
 
 		 401 aa  157  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.62 
 
 		 409 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1320  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.33 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4147  multidrug efflux system protein MdtL  30.21 
 
 		 391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.65 
 
 		 393 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.04 
 
 		 404 aa  152  8e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  34.93 
 
 		 402 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.68 
 
 		 411 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.77 
 
 		 393 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.37 
 
 		 394 aa  150  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001150  putative multidrug resistance protein  26.22 
 
 		 396 aa  150  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00286721  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  32.28 
 
 		 426 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.42 
 
 		 412 aa  150  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2645  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.05 
 
 		 420 aa  149  7e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  32.49 
 
 		 393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.49 
 
 		 393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.58 
 
 		 424 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.33 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0064  chloramphenicol resistance protein  33.73 
 
 		 419 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.629663 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.54 
 
 		 410 aa  147  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1990  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.71 
 
 		 452 aa  147  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.648809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.78 
 
 		 401 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.33 
 
 		 399 aa  146  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1335  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.83 
 
 		 397 aa  146  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.409904  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  34.24 
 
 		 398 aa  145  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3587  multidrug efflux system protein MdtL  28.72 
 
 		 396 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25390  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.16 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.721605  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.91 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10090  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  33.51 
 
 		 392 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0442276  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.44 
 
 		 458 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.29 
 
 		 400 aa  144  3e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.44 
 
 		 405 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.89 
 
 		 414 aa  143  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.44 
 
 		 405 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.65 
 
 		 400 aa  143  5e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_3944  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.54 
 
 		 401 aa  143  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.75 
 
 		 391 aa  143  6e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
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NC_007406  Nwi_2242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.99 
 
 		 430 aa  143  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.187977  normal  1 
 
 
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NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  30.75 
 
 		 409 aa  143  6e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
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NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.07 
 
 		 405 aa  143  6e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
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NC_004347  SO_4021  multidrug efflux system protein MdtL  28.7 
 
 		 396 aa  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_0383  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.61 
 
 		 419 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0372929 
 
 
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