More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3147 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  593  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  62.2 
 
 
300 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  62.89 
 
 
305 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  61.51 
 
 
309 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5166  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
307 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3201  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
307 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5113  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 
307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0462  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
309 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.39 
 
 
332 aa  260  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.59 
 
 
294 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3716  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
297 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.264158 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  35.93 
 
 
296 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  34.36 
 
 
296 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
301 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 
312 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 
322 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
315 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
317 aa  141  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38 
 
 
312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 
322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.97 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
312 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.97 
 
 
323 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 
299 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 
298 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.92 
 
 
303 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 
298 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 
329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 
329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 
329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
320 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 
313 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
328 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 
295 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 
348 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
305 aa  136  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
317 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3539  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.99 
 
 
284 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
308 aa  135  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 
309 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0139  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
295 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
305 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 
303 aa  133  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 
315 aa  132  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  132  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 
306 aa  132  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
305 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 
320 aa  132  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
321 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 
303 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 
303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.59 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0134  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>