More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5079 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 305 aa  597  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.7 
 
 		 307 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.373349  normal  0.751724 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.86 
 
 		 304 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5402  Nickel-transporting ATPase  59.21 
 
 		 304 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997864  hitchhiker  0.00986644 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.55 
 
 		 304 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.440678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 		 309 aa  340  2e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51287  normal  0.365022 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.79 
 
 		 309 aa  332  7.000000000000001e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0359534 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.5 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238423  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.67 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.91 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.58 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.93 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6467  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  37.62 
 
 		 309 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 		 306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.94 
 
 		 333 aa  206  6e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  38.1 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  36.5 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.18 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 		 320 aa  202  7e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 		 309 aa  202  7e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  36.58 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  36.58 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 		 321 aa  199  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.43 
 
 		 335 aa  199  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  37.8 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  37.8 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  37.8 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 		 309 aa  198  7.999999999999999e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0396577  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  38.39 
 
 		 336 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.34 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  37.8 
 
 		 336 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.2 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.2 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  35.62 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  37.2 
 
 		 336 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.2 
 
 		 336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  35.93 
 
 		 336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  37.5 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  35.8 
 
 		 339 aa  195  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  39.39 
 
 		 309 aa  195  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  37.01 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 		 313 aa  193  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  38.21 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  35.8 
 
 		 339 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  33.63 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 		 321 aa  193  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  192  6e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  35.9 
 
 		 315 aa  192  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 381 aa  192  7e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  35.5 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  36.36 
 
 		 327 aa  191  9e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.89 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  36.9 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  35.69 
 
 		 339 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.01 
 
 		 335 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  35.69 
 
 		 339 aa  190  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  37.27 
 
 		 335 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>