37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4955 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4955  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 269 aa  559  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.126867 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5929  endo-1,3-1,4-beta-glycanase  66.93 
 
 		 268 aa  364  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1972  glycoside hydrolase family protein  49.57 
 
 		 260 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.138476 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0648  glycoside hydrolase family protein  56.22 
 
 		 253 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1209  licheninase  49.57 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0812437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2550  endo-beta-1,3-1,4-glycanase protein  49.13 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4600  glycoside hydrolase family protein  46.84 
 
 		 277 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0211  glycoside hydrolase family protein  38.6 
 
 		 334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00263756  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2751  glycoside hydrolase family protein  31.78 
 
 		 272 aa  96.7  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0061  exported glycosyl hydrolase, family 16  26.92 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.558429  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2802  b-glucosidase  29.89 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.790099  normal  0.396341 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3662  glycoside hydrolase family protein  24.45 
 
 		 593 aa  72.4  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4988  glycoside hydrolase family protein  29.17 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2825  glycoside hydrolase family protein  27.11 
 
 		 492 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3100  glycoside hydrolase family 16  28.11 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  27.44 
 
 		 907 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06948  putative transglycosidase, GH16 family (Eurofung)  26.99 
 
 		 367 aa  52.4  0.000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2434  glycoside hydrolase family protein  26.79 
 
 		 556 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.971085  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1939  glycoside hydrolase family 16  25.6 
 
 		 566 aa  50.1  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000600804  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_4167  predicted protein  33.06 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.512731 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04515  putative transglycosidase, GH16 family (Eurofung)  26.26 
 
 		 435 aa  48.9  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.0000384453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6224  endo-1,3-1,4-beta-glycanase, C-terminal secretion signal protein  22.89 
 
 		 475 aa  48.9  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.380521  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  28.37 
 
 		 383 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04210  glycoside hydrolase family 16  26.22 
 
 		 281 aa  46.2  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2607  laminarinase  26.9 
 
 		 883 aa  45.8  0.0007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2605  glycoside hydrolase family protein  24.19 
 
 		 191 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40512  predicted protein  27.01 
 
 		 346 aa  45.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5321  glycoside hydrolase family 16  28.06 
 
 		 426 aa  45.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.349726  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5109  glycoside hydrolase family 16  27.04 
 
 		 409 aa  44.3  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369397  normal  0.380992 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_25832  cell wall protein in family of putative glycosidases Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase  24.54 
 
 		 413 aa  43.9  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.623887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04240  Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  25.67 
 
 		 1290 aa  43.9  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3843  glycoside hydrolase family protein  26.87 
 
 		 346 aa  43.5  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.106581 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9095  hypothetical protein  28.11 
 
 		 467 aa  42.7  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1600  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  27.45 
 
 		 288 aa  42.7  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.715273  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0286  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  26 
 
 		 282 aa  42.4  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05790  cell wall organization and biogenesis-related protein, putative  25.6 
 
 		 376 aa  42.7  0.007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4931  glycoside hydrolase family protein  22.77 
 
 		 465 aa  42.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.533696 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>