35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4988 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_4988  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 372 aa  765    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3662  glycoside hydrolase family protein  48.85 
 
 		 593 aa  322  7e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0211  glycoside hydrolase family protein  30.14 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00263756  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5929  endo-1,3-1,4-beta-glycanase  31.03 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0061  exported glycosyl hydrolase, family 16  29.15 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.558429  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2802  b-glucosidase  28.41 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.790099  normal  0.396341 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4955  glycoside hydrolase family protein  29.17 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.126867 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0648  glycoside hydrolase family protein  28.82 
 
 		 253 aa  68.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2751  glycoside hydrolase family protein  29.61 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4600  glycoside hydrolase family protein  28.85 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04515  putative transglycosidase, GH16 family (Eurofung)  27.78 
 
 		 435 aa  58.5  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.0000384453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1972  glycoside hydrolase family protein  25.45 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.138476 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4177  glycoside hydrolase family protein  27.27 
 
 		 1332 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_4167  predicted protein  27.12 
 
 		 248 aa  53.9  0.000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.512731 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3100  glycoside hydrolase family 16  29.19 
 
 		 291 aa  53.1  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2607  laminarinase  29.85 
 
 		 883 aa  52.8  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  28.18 
 
 		 467 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1939  glycoside hydrolase family 16  25.5 
 
 		 566 aa  50.8  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000600804  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40512  predicted protein  27.08 
 
 		 346 aa  50.1  0.00007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1209  licheninase  24.27 
 
 		 260 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0812437 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  26.59 
 
 		 475 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  26.59 
 
 		 475 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2550  endo-beta-1,3-1,4-glycanase protein  25.9 
 
 		 260 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_85971  global regulator of transcription  31.87 
 
 		 1026 aa  48.5  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_25832  cell wall protein in family of putative glycosidases Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase  25.19 
 
 		 413 aa  48.9  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.623887  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06948  putative transglycosidase, GH16 family (Eurofung)  23.92 
 
 		 367 aa  47.4  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2809  glycoside hydrolase family protein  23.56 
 
 		 1321 aa  47.4  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.149168  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4793  glycoside hydrolase family protein  29.84 
 
 		 320 aa  46.2  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00933  extracellular cell wall glucanase Crf1/allergen Asp F9 (AFU_orthologue; AFUA_1G16190)  25 
 
 		 405 aa  46.2  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0489883  normal  0.840082 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0109  glycoside hydrolase family 16  29.94 
 
 		 276 aa  45.1  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0321176  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4931  glycoside hydrolase family protein  30.86 
 
 		 465 aa  43.9  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.533696 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2816  glycoside hydrolase family protein  23.55 
 
 		 752 aa  43.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4707  glycoside hydrolase family protein  35.56 
 
 		 291 aa  43.5  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.359297 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3021  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  24.4 
 
 		 722 aa  42.7  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105291 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6224  endo-1,3-1,4-beta-glycanase, C-terminal secretion signal protein  25.31 
 
 		 475 aa  42.7  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.380521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>